二月份，额勒登保的部下杨遇春在川陕交界的鞍子沟成功擒获了王廷诏，并在宁羌的龙洞溪捉拿了高天德和马学礼三位顽固分子。这三位教匪头目都是极其凶悍的角色，他们的落网极大地震慑了其他教匪。为此，朝廷特别晋升额勒登保为二等子，并恢复了他双眼花翎的荣誉。
当时，仍然活跃在各地的主要教匪头目还包括陕西的冉学胜和伍怀志、湖北的徐天德和苟文明，以及四川的樊人杰、冉天泗和王士虎等。四月份，额勒登保在渭河南岸对冉学胜展开追剿，并将其逼入汉南地区，迫使他逃往平利。与此同时，张天伦集结了五路教匪屯集于洵阳的高塘岭和刘家河，额勒登保命令杨遇春出击，成功将这股势力击溃。
五月，穆克登布在秦岭成功擒获了伍怀志。到了七月，杨遇春在通江的报晓垭擒获了冉天泗和王士虎。而徐天德和冉学胜则被其他部队歼灭。然而，新的威胁随之而来，姚之富的儿子姚馨佐以及白号的高见奇、辛斗等人开始在宁羌地区作乱。额勒登保指挥各路将领进行追剿，将这些 教 匪 逼入了川北地区。
九月份，总兵杨芳等人在通江捉拿了辛斗。到了十月，丰伸和桑吉斯塔尔在达州擒获了高见奇。随着李元受和老教首阎天明等教匪头目的相继投降，教匪的势力进一步衰落。额勒登保向朝廷呈上了详细的搜捕事宜报告，得到了高度肯定，并被晋封为三等伯。
然而，教匪并未完全消失。十一月，苟文明集合了各路残匪窜入阶州，并再次裹挟了不少民众加入，然后回窜至广元和通江。额勒登保迅速反应，在十二月份的瓦山溪之战中击败了苟文明的部队，迫使苟文明逃往开县的大宁地区。
六、克敌制胜
嘉庆七年（1802年），额勒登保继续在陕西和四川地区指挥剿匪作战。正月，他成功斩杀了黄号的辛聪于南江。然而，苟文明却趁机从西乡偷渡汉江，这使得额勒登保感到责任重大，主动请求惩罚，最终被降为一等男爵。但是，朝廷考虑到四川的教匪主要由德楞泰和勒保负责，因此决定让额勒登保兼任西安将军，继续专注于陕西的教匪问题。
二月份，苟文明逃入南山，并与宋应伏、刘永受等人汇合。额勒登保亲自督师深入南山，指挥军队进行搜剿。在六月份的龚家湾战役中，额勒登保成功地消灭了大部分教匪，苟文明仅以身逃过一劫，而刘永受则在逃窜过程中被乡民歼灭。紧接着，在七月，额勒登保在宁陕的花石岩再次发动攻势，最终击毙了苟文明。因这一系列的胜利，额勒登保被晋封为一等伯。
随着战局的推进，额勒登保意识到战事即将结束，于是向朝廷上书，建议撤回来自东三省、直隶和两广地区的部队，并根据实际情况遣散或留下部分乡勇。之后，他继续在南山地区穷搜残余教匪。到了八月份，额勒登保成功擒获了苟文齐，并击毙了张芳。随后，他前往平利与德楞泰会合，共同剿灭了来自湖北的教匪。在五次战斗中，擒获和斩杀了超过一半的教匪。
十月份，额勒登保在达州击毙了青号的熊方青，并彻底消灭了竹溪地区的教匪势力。到了十一月份，额勒登保命令穆克登布追击教匪至通江的铁镫台，并成功擒获了景英、蒲添香、赖大祥以及湖北的老教首崔连乐。因这一系列胜利，额勒登保被晋封为三等侯。
随着主要教匪头目的相继落网，剩余的零星教匪四处逃窜，躲进了深山老林之中。到了十二月份，额勒登保向朝廷报告了剿匪工作的完成情况。嘉庆帝高度赞扬了额勒登保：“在筹划和决策方面，他总是能够抓住要害，亲自参与战斗，与士兵同甘共苦，其功勋最为卓着。”为此，额勒登保被晋封为一等侯，并授予世袭罔替的荣誉，任命为御前大臣，并加封太子太保，还特别赐予他使用紫色缰绳的殊荣。此外，根据各自的表现，其他有功人员也分别得到了相应的封赏。
七、善后有方
嘉庆八年（1803年），额勒登保继续留在陕西进行搜捕行动。这一年春天，他在紫阳成功擒获了姚馨佐、陈文海、宋应伏等多名教匪。然而，在搜捕过程中，穆克登布遭遇埋伏，不幸战死。穆克登布的牺牲使得额勒登保更加坚定了肃清残余教匪的决心。
六月份，额勒登保率军进入四川，在大宁地区成功擒获了熊老八和赵金友。值得注意的是，熊老八正是杀害穆克登布的凶手之一。这一系列的胜利标志着教匪的最后一批主要头目被彻底清除。
在剿匪工作接近尾声之际，额勒登保向朝廷上书，提出了详细的善后计划。他建议各省根据实际情况保留一部分本地的士兵和乡勇，具体来说，四川保留一万二千人，湖北保留一万人，陕西保留一万五千人，并将这些人分布在各地的重要位置。对于随军征战的乡勇，如果他们有自己的职业，则允许他们返回家乡；如果没有固定职业，则补充进入正规军中服役，并由高级军官统一指挥。
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