乾隆三十三年（公元1768年），纪昀的职业生涯达到了一个新的高峰。这一年，他被授予了贵州都匀府知府的职务，同时乾隆帝还特别赐予他四品之衔，并允许他继续担任左庶子的职位。这表明纪昀不仅在学术上有很高的成就，在实际行政管理方面也得到了皇帝的信任。不久之后，他又被提升为翰林院侍读学士
纪昀一生中的一个重大转折点发生在乾隆三十三年（公元1768年），这一年，他因牵涉到一起贪污案件而遭到了贬谪。事情的起因是他的长女嫁给了两淮盐运使卢见曾的孙子卢荫文。卢见曾在任职期间涉及贪污受贿，当乾隆帝得知此消息后，立即下令彻查所有涉案官员，并命令将卢见曾的家产全部查封充公。
得知卢家即将面临灾难的消息后，出于亲情的考虑，纪昀秘密传递信息给卢家，提醒他们尽快转移财产。卢家接到消息后迅速行动，将家中的财物转移藏匿起来，导致前来查抄的官员一无所获。然而，纸包不住火，东阁大学士刘统勋等人在调查过程中发现了纪昀的行为，并将实情上报给了乾隆帝。
乾隆帝得知此事后，对纪昀的处理十分严厉。他先是剥夺了纪昀的所有官职，随后将其贬至边远的新疆乌鲁木齐，担任戍所印务章京。这一决定不仅是对纪昀个人行为的惩罚，也反映了乾隆帝对于官员廉洁自律的要求及其对法律尊严的维护。
在乌鲁木齐期间，纪昀主要负责整理案牍、撰写文书等工作。这段时间虽然对纪昀来说是一段艰难的时期，但也为他提供了一个重新审视自我、反思过往的机会。身处边疆，纪昀开始关注当地的风土人情，他利用闲暇时间，记录下了许多关于乌鲁木齐的诗篇，这些作品后来被集结成《乌鲁木齐杂诗》。这部作品不仅反映了纪昀对于自然景观和人文风情的细腻观察，也体现了他在逆境中仍然保持乐观向上的精神状态。
大约两年后，即乾隆三十五年（公元1770年），乾隆帝考虑到纪昀在乌鲁木齐的工作表现以及他过去对国家文化的贡献，最终赦免了纪昀，并命令他返回京城，恢复原有的官职。
乾隆三十六年（公元1771年）六月，纪昀结束了在新疆的外放生活，重返京师。当时，乾隆帝正在热河（今河北省承德市）避暑，纪昀得知后，便前往密云（今北京市密云区）迎接圣驾。乾隆帝在热河期间，恰逢土尔扈特部从遥远的伏尔加河流域历经千辛万苦回归祖国。乾隆帝对此深感欣慰，便命纪昀以此为题材作诗。纪昀所作之诗文辞优美，情感真挚，深得乾隆帝的赞赏。基于此次出色的文学表现，纪昀被授予了翰林院编修的职位。
乾隆三十八年（公元1773年），乾隆帝为了彰显自己在文化和政治上的成就，决定编纂一部全面总结中国古代文化的大型丛书。这一宏大的文化工程旨在收集整理历代文献，传承中华文明，同时也树立乾隆帝“文治武功”全盛的形象。为此，乾隆帝下令在翰林院内成立了《四库全书》馆，着手编纂《四库全书》。
《四库全书》的编纂工作由众多学者参与，其中纪昀在东阁大学士刘统勋的推荐下，与郎中陆锡熊一同被任命为总纂。这一职位意味着纪昀将承担起组织整个编纂工作的重任，包括确定编纂方针、协调各方面的关系、审定书稿等。纪昀在编纂过程中展现了卓越的组织能力和深厚的学术功底，确保了《四库全书》编纂工作的顺利进行。
在编纂《四库全书》的过程中，纪昀和陆锡熊的工作至关重要，他们不仅要负责筛选和整理庞大的文献资料，还要确保每一步骤都能得到乾隆帝的认可。这一过程大致可以分为三个主要步骤。
首先是根据纂修官们提出的应刊刻、应抄录等意见，对原书进行细致的检查和评估，以决定哪些书籍应该被纳入《四库全书》之中。这一阶段的工作要求总纂官们必须具有深厚的学识和判断力，以便准确地区分哪些作品具有保存价值，哪些则可以排除在外。
接下来，纪昀和陆锡熊需要将初步筛选后的书籍列表提交给乾隆帝，由皇帝亲自审阅并做出最终的决定。这一环节凸显了乾隆帝对文化事业的高度重视，同时也表明了他对《四库全书》编纂工作的直接干预。只有得到乾隆帝首肯的书籍才能被正式收录。
最后一步则是对入选书籍的提要进行修订和完善，将它们按照经、史、子、集四部分类整理，最终形成《四库全书总目》。这项工作要求总纂官们不仅要熟悉每一本书的内容，还要能够清晰地概括其要点，以便读者能够快速了解书籍的基本信息。
乾隆四十六年（公元1781年）十二月，经过多年的辛勤工作，《四库全书》的第一份副本终于完成。纪昀为此撰写了《钦定＜四库全书＞告成恭进表》，这份文书充分表达了编纂团队的心血和对乾隆帝支持的感激之情。乾隆帝看完这份恭进表后非常满意，决定将其收录在《四库全书》的卷首，作为对编纂团队努力的认可。
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