接到命令后，勒保迅速组织兵力应对。他首先下令总兵德英额、札郎阿、袁敏分别驻守东、西、北三路，以防止叛军进一步扩散。同时，他还请求两广总督吉庆和云南巡抚江兰加强南边的防御。勒保亲自率领按察使常明和副将施缙攻克关岭，抵达永宁时，发现副将巴图什里已经解除了该城的围困。接着，勒保率兵解救了归化的围困，并与提督珠隆阿联手攻克永丰。随后，勒保指挥总兵张玉龙和七格解除了新城的危机，并顺利抵达南笼，成功解除了该地的围困。清廷对 南 笼 的坚守表示赞赏，并赐名为兴义。
紧接着，勒保派遣常明和施缙去解救黄草坝的围困。与此同时，叛军集中兵力猛攻捧鲊和永丰，情况危急。勒保及时分兵支援，首先解除了捧鲊的危机，然后亲自率领常明和施缙进攻洞洒和当丈的叛军巢穴。叛军见势不妙，点燃了自己的营地，试图以此阻止清军的进攻。但都司王宏信和千总洪保玉不顾烈火，勇敢冲入敌营，最终擒获了王囊仙和韦七绺须，解除了永丰的围困。与此同时，吉庆也从广西赶来，协助收复了册亨。
到了六月，仲苗叛乱终于被平息，清廷为此改永丰为贞丰，并赐封勒保为一等侯爵，号威勤。同年九月，勒保被调任为湖广总督。此时，四川和湖北的叛乱形势愈发严峻，叛军内部设有不同的标识和头衔，清廷多次更换指挥官但均未能有效控制局势。最后，在宜绵的推荐下，勒保被任命为新的总指挥官，承担起了平定叛乱的重任。
四、四川剿匪
嘉庆三年（1798年）正月，勒保抵达四川梁山，着手处理日益严重的叛乱问题。当时，各色叛军在开县聚集，其中白号王三槐、青号徐天德、蓝号林亮工等势力尤为强大。勒保首先针对石坝山的曾柳发起攻击，并成功将其消灭，此举被清廷视为入川以来的第一个重大胜利，勒保因此被任命为四川总督。
王三槐逃至达州后，与蓝号冉文俦联合，而林亮工依然盘踞在开县。为了彻底解决这些叛军，勒保制定了“坚壁清野”的策略，鼓励民众依靠山区地形优势扎寨自保，并组织乡勇进行训练。这一举措有效地削弱了叛军的力量，同时增强了地方政府对叛军的打击能力。
在接下来的几个月里，勒保亲自率军追击王三槐，历经数次战斗后，叛军被迫四处逃窜。到了五月，勒保成功诱骗王三槐投降，并将其擒获送往京师受审，自己则被晋封为公爵。然而，王三槐的残部仍然顽固抵抗，直到十月，他们才因粮尽而选择假意投降，趁夜突围。
进入嘉庆四年（1799年），徐天德被额勒登保击败后逃往新宁，与黄 号 王光祖汇合。勒保与额勒登保联合出击，迫使天德逃往垫江，而王三槐的残部则逃向忠州。鉴于此前各路军队指挥权分散的问题，嘉庆帝特别授予勒保经略大臣的职务，使其能够统一指挥川、楚、陕、甘、豫五省的军务。勒保根据叛军在四川的分布情况，决定暂时驻扎在梁山、大竹等地指挥作战。
在勒保的领导下，清军迅速击败了叛军的主要力量。到了四月，徐天德、龙绍周、龚建、樊人杰及张子聪等叛军纷纷溃逃至开县东部。六月，叛军企图进入陕西，但被勒保派兵阻击。七月，勒保指挥下的清军在云阳歼灭了蓝号包正洪的部队，并在随后的几个月里接连击败了其他几股叛军，使叛乱形势逐渐得到控制。
然而，正当勒保在前线奋战时，他却因治饷问题遭受弹劾，被指控浪费军饷且未能有效减少叛军人数。嘉庆帝对此极为不满，下令剥夺勒保的职务，并派遣魁伦前往四川调查。尽管勒保在军中有较高的威望，但由于八旗兵的骄纵态度，以及他对军纪的严格要求，导致了诸多非议。最终，勒保因种种原因被判死刑，但由于皇帝念及他过去的功劳，改为监禁。
到了嘉庆五年（1800年），随着叛军再次活跃，清廷不得不重新启用勒保。他再度赴川指挥作战，并在数月之内接连取得胜利，逐渐平定了叛乱。
五、移师川东
嘉庆六年（1801年）正月，勒保率军进入川东地区，继续执行剿匪任务。此时，叛军中的蓝号杨步青在大宁地区遭遇了清军的重创。然而，樊人杰、徐万富与蓝号王士虎、冉天士等叛军则在广元、苍溪一带制造混乱。勒保迅速派遣副都统阿哈保前往支援，并亲自率军赶往南部，与阿哈保合兵一处，成功在嘉陵江附近击杀了徐万富。
二月，蓝号张士龙窜入巴州，勒保派提督七十五将其击毙。接着，勒保亲自指挥部队攻打蓝号陈朝观和白号魏学盛，在巫山与云阳之间将其击溃。随着叛军的不断北窜，勒保率军追至竹山一带。到了六月，叛军再次返回东乡，勒保再次发起攻击，成功擒获青号何子魁，并击毙了蓝号苟文明和鲜俸先。
七月，勒保再次取得战果，成功捕获了徐天寿和王登高。八月，白号高见奇与魏学盛合流，袭击广元，勒保及时拦截，并一路追击至通江。此时，蓝号冉学胜从老林方向赶来加入战斗，勒保趁夜发动攻势，成功抓获冉学胜。清廷为此授予勒保三等男爵位。九月，高见奇和魏学盛分头逃窜至南江及陕西西乡。勒保抵达南江时，得知李彬正在巴州和苍溪一带活动，担心他会越过嘉陵江，急忙赶往。结果，李彬已向东逃至通江，勒保于是转移兵力至大竹，追剿汤思蛟和刘朝选，并最终在太平擒获了刘朝选的同伙萧焜。
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