三、两驻伊犁
乾隆二十四年（1759年），阿桂被委以重任，前往阿克苏处理战后的善后事宜。面对战乱后军粮短缺的问题，阿桂果断采取措施，将当地的牛羊作为伊犁驻防军的储备粮食，并安排专人进行牧放和照管。这一举措不仅解决了眼前的食物供给难题，也为后续的屯田计划奠定了物质基础。
同年十月，阿桂与定边将军乌雅·兆惠会面，共同商讨伊犁驻军及迁徙阿克苏等地回部农民至伊犁屯田的具体办法。乾隆帝对此高度重视，特地下令阿桂率领军队护送回部农民前往伊犁，并负责屯田的具体管理工作。这项任务的重要性不言而喻，因为伊犁屯田的成功与否，直接关系到该地区未来的稳定与发展。
乾隆二十五年（1760年）初，阿桂率领满洲索伦兵、绿营兵以及回部农民前往伊犁，开始了屯田工作。伊犁地区在经历了多年战争后，满目疮痍，重建工作面临重重困难。乾隆帝虽然深知驻军和屯田的重要性，但在如此恶劣的条件下，是否能够取得预期效果，他心中并无十足把握。为此，乾隆帝下令各军营大臣讨论如何分兵驻守伊犁。
在这个关键时刻，阿桂挺身而出，力排众议，坚持屯田的观点。他认为，只有通过屯田才能从根本上解决驻军的粮食问题，同时也能增强清军在当地的存在感，阻止叛军复燃，并抵御外部势力如俄国的侵扰。阿桂的建议得到了乾隆帝的认可和支持，并迅速实施。
在阿桂的领导下，屯田工作迅速开展起来。首先，他组织人力制造农具，指导农民和士兵进行农业生产。得益于他们的辛勤付出，当年秋天屯田就获得了丰收，粮食产量翻倍，解决了驻军的粮食需求问题。这极大地鼓舞了阿桂的信心，并促使他进一步推进屯田事业。
乾隆二十六年（1761年），阿桂采取了一系列措施来促进屯田的发展。他禁止内地人到伊犁购买牲畜，以保障当地畜牧业的发展。同时，他还鼓励叶尔羌、喀什噶尔、阿克苏和乌什等地的回部民众前来伊犁屯垦，扩大了屯田规模。此外，阿桂建议在伊犁与乌鲁木齐之间设立屯田兵，进一步强化了两地之间的联系。
得益于阿桂的精心筹划和组织，屯田取得了显着成果。据记载，乾隆二十六年（1761年），伊犁的屯田面积达到了八千余亩，粮食产量达到了两万七千一百多石，回屯户均产粮四十石，总产约三万两千石左右。
在推动屯田生产的同时，阿桂还致力于完善屯田管理制度。乾隆二十七年（1762年）正月，他制定了包括兵员补充、钱粮征收、官员选拔、产量分配以及屯军家属养赡在内的具体规定。同年的八月，固勒札和乌哈尔里克两地的城堡建成，乾隆帝亲自命名“安远”城和“绥定”城。这些新城镇不仅是屯田管理的核心区域，也成为吸引四方商贾进行贸易的商业中心，为当地带来了繁荣与发展。
乾隆二十六年（1761年），阿桂因其在伊犁屯田事务中的杰出表现，被授予一系列重要职务，包括内大臣、工部尚书、议政处行走和镶蓝旗汉军都统等。随着职位的提升，阿桂的责任和影响力也随之增加。次年（1762年），他又被授予骑都尉世职，并被召回京师，以供职询问方略，显示了乾隆帝对其才干的高度认可。
乾隆二十八年（1763年）正月，阿桂抵达北京后，立即被任命为军机大臣，并享有在紫禁城内骑马的特殊待遇。同年七月，乾隆帝对阿桂在军营中的表现给予高度评价，并下令将其一族从正蓝旗抬入上三旗之一。这一决定不仅提高了阿桂家族的社会地位，也是对他个人贡献的一种肯定。随后，阿桂被任命为正红旗满洲都统，并晋升为太子太保，进一步巩固了他在朝廷中的地位。
在京担任军机大臣期间，阿桂深受乾隆帝信任，频繁被委派出京处理地方事务。他参与审理归化城都统法启案件，赴直隶霸州、文安等地督办疏浚工程，并在乾隆二十九年（1764年）以署四川总督的身份巡查金川土司郎卡扰边情况。阿桂在处理这些事务时表现出的高效与妥善，赢得了广泛赞誉。
然而，更大的挑战出现在同年四月，天山南路乌什地区爆发了回部民众起义。起义军在首领赖和木图拉的带领下，反抗清朝官吏和当地上层贵族的压迫与剥削。鉴于阿桂对当地情况的熟悉，乾隆帝命令他前往乌什，与伊犁将军富察·明瑞合作，镇压起义。
阿桂与明瑞指挥清军围攻乌什，赖和木图拉在战斗中阵亡，但起义并未就此平息，其子额色木图拉继续领导反抗。从乾隆三十年（1765年）三月至八月，清军历经五个月的激烈战斗仍未攻克乌什。阿桂和明瑞最终采取长期围困策略，切断乌什与外界的所有联系，迫使起义军投降。额色木图拉被捕并被处决，而普通民众则得到了赦免。
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