年羹尧的影响力不仅限于军事和政务，甚至在翰林院庶吉士的散馆考试中，雍正帝也会征求年羹尧的意见，以确定考试的等第和名次。这表明年羹尧在当时的政治舞台上几乎无所不在，其地位之高可见一斑。
然而，随着年羹尧权势的膨胀，他也逐渐与掌握人事权的吏部尚书隆科多以及掌握财政权的怡亲王允祥产生了矛盾。年羹尧在平叛期间频繁利用军功保举官员，通过密折直接向雍正帝推荐，使得他所推荐的人得以迅速升迁。这种做法导致吏部不得不为年羹尧设立专门的档案记录，称之为“年选”，这显然触动了隆科多的利益。
在财政方面，年羹尧多次请求免除四川和陕西的赔补，并要求减轻陕西亏空官员的处罚。雍正帝批准了年羹尧的请求，这使得其他省份也开始效仿，给允祥主持的清查国库亏空工作带来了很大的困扰。雍正帝意识到年羹尧与隆科多、允祥之间的矛盾，试图通过将年羹尧的儿子年熙过继给隆科多以及通过赠送允祥主管造办处所制的珐琅鼻烟壶等方式来调和三人之间的关系，但年羹尧对此反应冷淡，未能达到预期的效果。
此外，雍正帝的政敌、康熙帝第九子允禟被安排随从年羹尧出征，表面上是为了让军中有皇子坐镇，实际上是希望年羹尧能够监视允禟。然而，年羹尧在康熙朝与允禟有过交情，并未认真履行监视职责，也没有罗织允禟的罪名，这让雍正帝颇为不满。
年羹尧自身的一些行为也逐渐引发了雍正帝的不满。他爱慕虚名，喜欢自我标榜，并且喜欢接受奉承，不能拒绝贿赂，这导致他荐举官员时过于泛滥，甚至出现了因受贿而推荐的情况。这些行为不仅损害了他的形象，也逐渐加剧了他与雍正帝之间的嫌隙。
罗卜藏丹津之乱平息后，年羹尧以健康状况不佳为由请求交出兵权，希望能调回京城。面对年羹尧的请求，雍正帝一方面表达了对年羹尧健康的关心，提供了药物和疗养方法，另一方面则希望年羹尧能够继续留在西北，以防外界对君臣关系产生猜疑。雍正帝认为年羹尧继续留任可以成为一个“千古奇榜样”，以此来展示君臣和睦。
雍正二年（1724年）十月，年羹尧进京请训，汇报西北的情况。这是他外放后第三次入朝觐见，持续了一个多月的时间。年羹尧此次进京，雍正帝给予了极高的重视，特意让礼部拟定仪注。礼部侍郎三泰所拟的仪注未能满足雍正帝的要求，结果被降级处理。
年羹尧进京时，沿途的铺面被要求关闭，陕西巡抚范时捷、直隶巡抚李维钧等地方官员跪地迎送。当他从广宁门（广安门）进入京城时，王公大臣们跪接于门外，年羹尧策马而过，毫不动容。即便王公们下马问候，他也只是微微点头回应。这种行为显示出年羹尧的傲慢与不羁，与当时的社会规范不符。
在京城期间，雍正帝对年羹尧进行了丰厚的赏赐，包括双眼孔雀翎、四团龙补服、黄带、紫辔以及金币等物品。此外，雍正帝还让年羹尧与总理事务王大臣及中枢近臣们一起面承上谕，下达圣旨。雍正帝称赞年羹尧记忆力好、表达能力强，且性格直率，不徇私情，有考察年羹尧是否适合担任中枢大臣的意图。
然而，年羹尧长期在外任职，对于京中复杂的官场规则和礼仪并不熟悉。他在京中的行为举止过于张扬，不仅让同僚反感，还引起了雍正帝的不满。年羹尧在与雍正帝会面时，甚至在御前“箕坐”，这种随意的姿态被认为是不尊重的表现。尽管如此，雍正帝依然给予了宽容。
更严重的是，年羹尧在京中招揽势力，四处插手政务，宣扬自己的权威和功绩。他的家仆魏之耀也仗势欺人，作威作福。有一次，年羹尧拜访怡亲王府后，对直隶巡抚李维钧评论王府内部布置简陋，显得矫情违意。这些言行透露出年羹尧对权势的渴望和对同僚的轻视。
雍正帝对年羹尧的行为虽有不满，但并未直接表达出来。在一次公开的上谕中，雍正帝谈到“为君难、为臣不易”，表面上是在谈论君臣之道，实际上是在暗中敲打年羹尧。然而，年羹尧并未从中领悟到雍正帝的警告，没有采取任何谢罪或请辞的举动。
十二月，年羹尧回到了西安。据说在这次进京期间，雍正帝的一位亲信（可能是禅僧文觉）曾建议扣留年羹尧，但雍正帝相信自己能够控制局面，没有采纳这一建议。尽管如此，雍正帝已经开始对年羹尧产生了戒心，并逐渐萌生了除掉他的念头。
五、获罪赐死
年羹尧离京时，雍正帝虽然赐予他一等阿思哈尼哈番世职，以表彰他在平定青海和其他少数民族叛乱中的功绩，但同时也对他发出了严厉的警告，提醒他“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难”。这一警告意味着雍正帝已经开始对年羹尧的行为感到不满，并对其未来的作为提出了警告。
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