吴兴祚还注意到潮州一带海域广阔，商贾频繁往来，但同时也存在着走私和海盗活动的风险。为此，他建议将澄海协达濠营水汛官兵的船只划归南澳水师管辖，并与碣石镇形成联动机制，加强对海上岛屿的巡逻和防御。这一建议得到了康熙帝的认可，并付诸实施，大大增强了沿海地区的安全。
然而，吴兴祚在两广总督任上的表现并非一帆风顺。康熙二十四年（1685年），他提出了在广东、广西两地设立铸币厂的计划，旨在通过铸造钱币来刺激经济发展。但是，这一提案却遭到了给事中钱晋锡和御史王君的反对，他们认为吴兴祚存在虚报铸币数量的行为。这一指控引起了朝廷的高度关注，并最终导致吴兴祚被议罪。清廷决定将其降职为副都统，但仍允许他留在原岗位上继续服务。
在接下来的几年里，吴兴祚经历了职务上的起伏。康熙三十一年（1692年），他被任命为归化城右翼汉军副都统，但很快又因某些未明示的原因被降职。直至康熙三十五年（1696年），吴兴祚才得以恢复原有的官职，并在康熙帝亲征噶尔丹时随驾出征。在这次军事行动中，吴兴祚积极参与，表现出色。
不幸的是，吴兴祚在西征回京之后不久，即康熙三十六年（1697年），便因病逝世，结束了他充满波折却又辉煌的一生。吴兴祚的去世，不仅是对他个人事业的一个总结，也是清朝早期政治舞台上一位重要人物的谢幕。他生前在治理地方、改善民生以及维护国家安全等方面所做的贡献，至今仍被后人所铭记。
结语
吴兴祚一生勤政爱民，无论是在地方治理还是在军事斗争中都展现了杰出的能力。他推行的政策不仅促进了当地经济发展和社会稳定，也为后世留下了许多宝贵的经验。此外，吴兴祚还是一位文学爱好者，着有《留村诗钞》等作品，为清代文化发展做出了贡献。
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