1680年（康熙十九年），赵良栋率领军队继续向四川挺进。当他率军进攻白水坝时，叛军沿江布阵，利用江水上涨的条件进行防御。面对叛军的密集箭雨，赵良栋激励士兵们勇敢向前，他亲自策马渡河，全军紧随其后，尽管遭到敌军火炮的猛烈攻击，但没有一人退缩。叛军见到如此英勇的攻势，惊慌失措，迅速溃散。赵良栋乘胜追击，先后在石峡沟、青箐山击败叛军，并攻取了龙安府，渡过了明月江，直奔绵竹。吴三桂任命的巡抚张文德见势投降，成都得以顺利收复，距离赵良栋出兵仅仅过去了十天。
鉴于赵良栋的杰出表现，康熙帝将其提拔为云贵总督，并授予兵部尚书衔，仍旧保留勇略将军的称号。赵良栋考虑到宁夏需要有人驻守，因此请求辞去总督职位，但未获批准。最终，清廷在宁夏设立新的总兵职位，任命赵良栋的儿子赵弘灿为宁夏总兵，而赵良栋则被命令率领宁夏镇兵前往云南继续征战。
四、平定云南
1681年（康熙二十年），在经历了前期的准备和战斗之后，赵良栋终于率领军队向云南进发，目标是彻底平定云南的叛乱。在此之前，王进宝已经夺取了保宁（今四川阆中），攻克了顺庆、重庆、遵义等地。赵良栋则先收复了象岭、建昌、纳溪、永宁等地，并请求分兵入云南。康熙帝同意了这一请求，命令赵良栋出兵建昌，同时命建威将军吴丹出兵永宁。
然而，事态并未如预期那样顺利发展。叛将胡国柱、夏国相攻陷永宁，进而进犯泸州、叙州（今四川宜宾），直逼建昌。面对这一紧急情况，赵良栋命令总兵朱衣客率领八千人救援建昌。然而，朱衣客在战斗中失利，被迫退守雅州（今四川雅安），建昌也随之失陷。赵良栋随即上表弹劾吴丹和朱衣客，认为吴丹拥兵不进，导致永宁失守，而朱衣客则未能守住建昌。康熙帝根据赵良栋的意见，撤换了吴丹，并将朱衣客关入刑部大狱。
随后，赵良栋调整了战略部署，他命令儿子赵弘灿绕道攻击叛军的背后。赵弘灿成功收复了泸州、叙州、永宁，并与赵良栋在夹江会师，一同攻克雅州，进而收复了建昌。此时，赵良栋的军队士气高昂，准备进入云南。
不久，赵良栋率军渡过金沙江，驻扎在武定。此时，大将军贝子彰泰正 统 帅 四十万大军屯兵于昆明城东的归化寺，并布下严密的防线。吴世璠则聚集残军，坚守昆明，与清军形成对峙的局面。九月，赵良栋率军抵达前线，巡视营垒后，向彰泰提出应迅速决战的观点，认为长时间的相持不利于清军。彰泰则担心轻易进攻会让满洲军遭受损失，希望赵良栋的军队先休整。赵良栋没有采纳彰泰的意见，当晚便率领部队攻打南坝，并夺取了浮桥，逼近昆明城下。
彰泰看到赵良栋的军队已经取得优势地位，便提议让赵良栋的军队暂时退下，由其他将领继续进攻。但是赵良栋坚持不让，彰泰最终下令全军出击。在桂花寺附近，双方展开了激烈的战斗，清军士气高昂，奋勇争先，最终大败叛军。吴世璠在昆明城内见大势已去，选择自杀身亡，云南得以平定。
在昆明城破之后，赵良栋展现出了高尚的品德。吴氏家族在云南经营多年，积累了大量的财富。许多将领趁机掠夺财物，唯独赵良栋及其部队一无所取，严格遵守军纪，未侵犯任何财物，这一行为赢得了当地民众的尊敬和赞誉。
五、自陈战功
1683年（康熙二十二年），赵良栋上书朝廷，详细陈述了自己的战功。然而，朝廷以丢失建昌为由，认为他的功劳和过失可以相互抵消，仅对其部下的将领进行了加封。不久之后，赵良栋以病为由请求回乡。
1686年（康熙二十五年），康熙帝考虑到赵良栋在平定云南时的贡献及其廉洁自律的行为，恢复了他将军和总督的官职。这一决定显示了康熙帝对赵良栋功绩的认可，同时也表明了对老将的尊重和关怀。
1688年（康熙二十七年），赵良栋再次入朝，又一次自述了自己的战功。1689年（康熙二十八年），康熙帝为了表彰赵良栋的贡献，加封他为拜他喇布勒哈番（汉文为骑都尉）。这一封赏进一步确认了赵良栋的地位和荣誉。
1691年（康熙三十年），准噶尔部开始侵扰边境，西安将军尼雅翰出镇宁夏，并向赵良栋咨询军情事务。这显示出赵良栋在处理边防问题上的经验和能力仍然受到重视。
1693年（康熙三十二年），清廷将宁夏总兵冯德昌调往甘州，并命令赵良栋暂时统领宁夏镇兵。赵良栋弹劾冯德昌克扣军粮，导致冯德昌被罢官。1694年（康熙三十三年），赵良栋率军驻守 土 喇 ，以抵御准噶尔部的侵扰。不久后，他被召回到京师。
1695年（康熙三十四年），赵良栋再次上书朝廷，声称自己的战功被大将军图海、彰泰以及大学士明珠所隐瞒。康熙帝对此表示不满，认为赵良栋过于计较个人得失，气量狭隘，并将赵良栋的奏疏退回。尽管如此，康熙帝还是封赵良栋为一等精奇尼哈番（汉文为子爵），显示了皇帝对赵良栋的认可。
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