康熙三十年（1691年），马齐被正式任命为兵部尚书。在此期间，他还负责调集军队以安抚喀尔喀蒙古，以应对噶尔丹的威胁。他与侍郎布彦图等人一起行动，确保了边境地区的稳定。
康熙三十一年（1692年），马齐转任户部尚书。在这个职位上，他展现了卓越的行政能力和对财政事务的精通。例如，在康熙三十三年（1694年），他被派往盛京赈灾，有效地分配粮食和物资，缓解了当地的饥荒问题。
在康熙三十五年（1696年），当康熙帝亲征噶尔丹时，马齐被委以重任，包括调遣军队和兼任理藩院尚书。他还被安排与其他几位大臣轮流值守紫禁城，辅佐皇太子允礽处理政务。这些任务充分证明了康熙帝对马齐的信任和倚重。
康熙三十六年（1697年），马齐被委派审查官员的失职情况，如按察使囊吉理、副将杨琳等人的运粮迟误问题。通过仔细审查，他确保了公正的处理结果。
到了康熙三十七年（1698年），马齐继续承担重要的外交使命，前往喀尔喀诸部主持会盟，宣读禁令。同年，他还参与了对漕运系统的考察和改进工作，为保障漕运的安全和效率作出了贡献。
康熙三十八年（1699年），马齐处理了山西巡抚倭伦与布政使齐世武之间的争执，公正地解决了涉及地方官员的腐败问题，确保了地方行政的正常运作。
康熙四十三年（1704年），马齐的贡献得到了康熙帝的高度认可，被御书“永世翼戴”匾额以示褒奖。这不仅是对他个人成就的认可，也是对他为清朝做出的贡献的肯定。
四、遭受挫折
康熙四十七年（1708年）九月，对于富察·马齐来说是一个充满挑战的时期。这一年，康熙帝第一次废黜了皇太子胤礽，但在废黜之后不久，康熙帝又对自己的决定产生了悔意，想要重新立胤礽为太子。然而，由于皇帝的权威不容许轻易改变决定，康熙帝面临一个尴尬的局面：如何恢复胤礽的地位而不失颜面？
为了解决这个问题，康熙帝决定采取一种间接的方式，他希望通过朝臣们的推举来达到复立胤礽的目的。为此，康熙帝在十一月召集全体朝臣进行推举，但他特别下旨不让马齐参与这次推举活动。这可能是出于对马齐个人能力的信任，或者是考虑到马齐在朝中的影响力，希望避免他可能产生的负面影响。
然而，马齐并没有遵守康熙帝的特别指令，而是与国舅佟国维一起暗中倡导朝臣们推举皇八子胤禩为太子。他们得到了领侍卫内大臣阿灵阿、鄂伦岱等人的支持，最终导致全体朝臣一致推举胤禩为太子，这与康熙帝的初衷背道而驰。
康熙四十八年（1709年）初，马齐等人的行为被康熙帝得知后，遭到了严厉的斥责。马齐被革去了大学士的职位，并被交给胤禩“严行管束”。此外，马齐的三弟马武、四弟李荣保以及他的族人都受到了牵连，被卷入了这场政治风波之中。
这次事件对于马齐而言是一次重大的打击。在此之前，他一直被视为康熙帝的股肱之臣，深受信任。然而，这次事件导致他在朝中的地位急剧下降，不仅失去了重要的官职，而且还在一定程度上损害了他的声誉。尽管这次挫折是马齐仕途中唯一的严重失败，但它却给他带来了深刻的教训。
值得注意的是，这次事件的发生并不是简单的个人行为所致，而是当时复杂的宫廷政治斗争的结果。在康熙帝晚年，围绕着皇位继承问题的斗争日益激烈，各种势力集团纷纷涌现，试图影响皇位的归属。马齐的举动可能也是在这种背景下，出于对自身利益的考虑而做出的选择。
五、重新启用
康熙四十九年（1710年）十二月，富察·马齐的人生经历了一个重要的转折点。在经历了之前的挫折之后，他终于迎来了重新启用的机会。这一年，俄罗斯请求与清朝开展贸易往来，康熙帝认为马齐在过去曾经负责过与俄罗斯相关的事务，因此决定让他重新管理这项重要的外交任务。同时，马齐的弟弟马武等人也在不久之后被重新起用。
康熙五十一年（1712年）九月，康熙帝意识到内务府的事务堆积如山，需要一位有能力的人来整顿局面。于是，他下令让马齐暂时接管内务府的管理工作。此外，康熙帝还特意提到，马齐和他的兄弟之前所管辖的镶黄旗佐领，曾经短暂地被划归给了胤禩，现在已经被收回，可以让他们继续管理族人，并跟随本旗。
到了康熙五十五年（1716年）五月，马齐再次被授予武英殿大学士的职位，这标志着他在政治上的全面复出。武英殿大学士是当时极为重要的官职，负责辅佐皇帝处理政务，这表明马齐在朝中的地位已经得到了完全的恢复。
康熙五十七年（1718年）正月，马齐被任命为纂修《省方盛典》的总裁官，这是一项重要的文化工程，旨在总结和记录康熙帝巡视各地的情况，反映地方治理的经验和成果。马齐在这一项目中的领导地位，再一次证明了他在文化领域的深厚造诣和对国家文献工作的贡献。
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