吴三桂闻讯后立即起兵反叛，耿精忠和尚可喜的儿子尚之信也相继响应，三藩之乱就此爆发。面对这一突如其来的叛乱，朝中大臣对于是否撤藩产生了激烈的争议。一些大臣，如大学士索额图，甚至请求处死那些倡议撤藩的大臣，认为他们的建议导致了目前的局面。但是，康熙帝坚持认为撤藩是正确的决策，并指出：“这是朕的旨意，他们有何罪？”
待到三藩之乱被平定后，康熙帝回顾了撤藩的过程，并表扬了纳兰明珠，称：“当时商议撤藩，只有明珠做事符合朕的想法。”他还提到：“当时有人建议诛杀倡导撤藩的大臣，朕若是听信了他们，就让忠臣含冤九泉了！”这番言论不仅彰显了康熙帝的决断力，也肯定了纳兰明珠在处理三藩问题上的贡献，从而进一步提升了纳兰明珠在朝中的地位。
四、权倾朝野
纳兰明珠，自康熙十四年调任吏部尚书起，便以其卓越的政务能力和深得圣心的智慧，逐步攀升至权力的巅峰。康熙十六年，他被授予武英殿大学士，并承担起皇家重要着述的总纂工作，这一系列的任命不仅彰显了他的文学与行政才能，更使他在朝野之中声名显赫，权势滔天。然而，权力的膨胀也让他逐渐迷失，表面上的谦和背后，是他利用皇帝的信任，暗中结党营私，贪污纳贿的真相。
与此同时，康熙皇帝为了国家的长治久安，对水利建设尤为重视。靳辅被任命为河道总督后，采取了在上游修筑堤坝以约束水势的策略，而下游则采取自然疏通的方式。这一决策在于成龙等官员看来，存在隐患，他们认为下游的疏通同样重要，以防万一上游堤坝失守，下游百姓将遭受灭顶之灾。双方为此展开了激烈的争论，康熙帝虽以“便民”、“不害百姓”为考量，倾向于于成龙的观点，但纳兰明珠却凭借自己在皇帝面前的宠信，坚持支持靳辅的方案，认为靳辅经验丰富且治河有功，应予以信任。这一僵持状态，直接导致了康熙亲自下令的疏浚下河工程进展缓慢，耗费了大量人力物力，却未能及时完成。
在朝堂之上，纳兰明珠与索额图之间的明争暗斗更是愈演愈烈。索额图性格乖戾，对不顺从自己的大臣毫不留情地排挤，他与太子关系密切，是太子党的核心成员。而纳兰明珠则以谦和的外表掩饰其狡黠的内心，他不仅乐善好施，更擅长在暗处操作，拉拢新进官员，构建自己的政治网络。对于政敌，他则采取更为隐蔽的手段进行构陷，尤其是对那些依附太子的大臣，更是毫不留情地排挤出去，以削弱索额图的势力。
五、议剿台湾
康熙二十年（1681年），台湾岛上的局势发生了变化。郑经病逝后，其后嗣之间爆发了权力争夺战。郑经的长子被杀害，年仅12岁的次子郑克塽继任延平王之位，而实权则落入部将刘国轩和冯锡范手中。这一系列事件为清朝提供了收复台湾的机会。
福建总督姚启圣敏锐地察觉到了这一时机，向朝廷请求出兵进剿台湾。纳兰明珠也认为这是一个解决台湾问题的好机会。在与康熙帝商议后，决定利用这一时机彻底解决台湾问题，以巩固清朝在东南沿海的统治。
纳兰明珠提出了一个关键的策略建议：鉴于以往总督和巡抚共同指挥会导致相互牵制的问题，此次应该指定一位将领来统一指挥军事行动。康熙帝采纳了纳兰明珠的建议，并选择了福建提督施琅来领导此次军事行动。施琅曾在明朝末年加入郑成功的部队，后又投靠清朝，对台湾的情况十分熟悉，是一位经验丰富的将领。
康熙二十二年（1683年），施琅率军进攻台湾。面对强大的清军，台湾的郑氏政权无力抵抗。同年，郑克塽派遣使者请求投降，清朝顺利收复了台湾。这一胜利不仅结束了台湾与大陆长达几十年的分离状态，也为清朝的统一事业画上了圆满的句号。
在清军占领台湾后，如何妥善安置郑氏集团的人物成为了一个重要的议题。康熙帝最终听取了纳兰明珠的建议，决定任用一些台湾投诚的人才，这一举措不仅稳定了台湾的社会秩序，也为清朝的治理带来了积极的影响。事实上，许多投降的人才在后来的清朝治理台湾的过程中发挥了重要作用。
至于是否应该放弃台湾的问题，纳兰明珠的态度十分坚定，他主张必须固守台湾。当时，内阁学士李光地等人提出弃守台湾的观点，认为驻守台湾会增加朝廷的财政负担，且台湾的战略价值不大。然而，施琅等人坚决主张固守台湾，并认为台湾对于保卫东南沿海的安全至关重要。纳兰明珠赞同施琅的意见，并成功说服了康熙帝。
最终，康熙帝决定设立台湾府，将其划归福建省管辖，正式将台湾纳入中央政府的直辖范围内。这一决定不仅解决了台湾的归属问题，也为台湾的发展奠定了坚实的基础。台湾府的设立，标志着台湾正式成为清朝领土的一部分，对于加强东南沿海的防御、促进台湾的开发和发展具有重要意义。
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