在平定三藩的过程中，索额图发挥了重要作用。例如，在康熙十八年（1679年），云贵总督周有德请求在进军云南时由一人专任指挥，但索额图认为周有德言过其实，提出了不同的看法。他指出，在陕西时，周有德也曾提出类似的建议，但在多路进兵的情况下，这样的策略可能会导致资源的浪费和兵力的分散。索额图的见解得到了康熙帝的认可，并据此调整了军事部署。
此外，广西抚巡傅弘烈请求亲自率领军队进剿云贵地区，但兵部未予批准。康熙帝要求大臣们商讨进兵方略时，索额图认为既然已经派出了大军，再增派部队可能会加重军力负担，不利于长期作战。这一观点也被康熙帝采纳。
当傅弘烈因进展受阻而请求辞职时，索额图建议仍然应当允许他招募士兵并继续推进。这样做的目的既是为了避免让傅弘烈有借口逃避责任，也是为了确保军事行动的连续性。这些策略最终帮助清廷有效应对了三藩之乱，维护了国家的统一。
索额图在平定三藩之乱中的表现得到了广泛的赞誉。后来，礼亲王昭梿在《啸亭杂录》中写道：“索（额图）相当权时，多谋略，三逆叛时，公料理军书，调度将帅，皆中肯要。”这充分说明了索额图在这一时期的重要作用。
四、国际事务
索额图不仅在国内政治中发挥了重要作用，在对外事务方面也扮演了关键角色。特别是在处理与沙俄的关系上，索额图展现出了卓越的外交才能，为清朝的边疆稳定做出了重要贡献。
康熙二十六年（1687年），索额图被任命为议政大臣，这使得他在处理国家大事上有了更大的发言权。随后几年，清朝面临着来自北方沙俄帝国的压力。沙俄在远东地区扩张势力，侵入了清朝的领土范围，这引起了康熙帝的高度关注。为了和平解决边界争端，康熙帝决定派遣使者前往沙俄进行谈判。
康熙二十八年（1689年），索额图被选为代表之一，与沙俄进行谈判。他率领一支使团前往尼布楚，与沙俄代表进行了艰难的谈判。在此之前，康熙帝已经取得了雅克萨之战的胜利，增强了谈判的筹码。索额图利用这一优势，坚持要求沙俄承认清朝在黑龙江流域的主权。
谈判过程中，索额图巧妙地运用外交手段，既保持了强硬的态度，又不失灵活，最终成功与沙俄签订了《尼布楚条约》。这份条约确立了清朝与沙俄之间的边界线，规定了双方的领土范围，并禁止沙俄在黑龙江流域建立军事设施。《尼布楚条约》不仅解决了两国之间的争端，也为清朝北部边疆的稳定奠定了坚实的基础。
索额图在此次谈判中展现出的外交手腕，不仅得到了康熙帝的高度赞赏，也为他在朝廷中的声望增加了砝码。通过这次成功的外交活动，索额图不仅证明了自己的能力，也为清朝赢得了宝贵的和平环境，有利于国家的进一步发展和巩固。
五、储位之争
索额图因其特殊的身份与皇太子胤礽之间形成了紧密的联系，这成为他职业生涯后期遭遇不幸的关键因素之一。索额图的侄女是孝诚仁皇后，她在康熙十四年（1675年）生下了皇二子胤礽，不久后去世。胤礽在次年被立为皇太子，这不仅提升了索额图在朝廷中的地位，也加深了他与皇太子之间的关系。
随着胤礽逐渐长大，索额图成为其背后的强有力支持者。他利用自己的政治影响力，帮助胤礽巩固地位，并在朝廷中建立起一个支持皇太子的集团。这种行为在一定程度上被康熙帝视为对皇权的潜在威胁。随着胤礽的行为越来越让康熙帝不满，索额图与皇太子的密切关系也日益成为焦点问题。
康熙帝晚年，对胤礽的行为逐渐感到不满。胤礽在一些重要决策上与康熙帝意见不合，加之性格上的某些不足，如骄奢淫逸和轻率，逐渐失去了康熙帝的信任。康熙帝开始担心胤礽是否能够成为一个合适的继承人，这导致了父子间的矛盾加剧。
康熙四十一年（1702年），康熙帝南巡至德州时，皇太子胤礽生病，索额图被召至德州照顾。这次召见表面上是为了让索额图探望皇太子，但实际上可能还有其他深层考虑。康熙帝或许希望通过这种方式观察索额图与胤礽之间的互动，以评估他们之间的关系。
索额图与胤礽之间的紧密联系引发了康熙帝的疑虑。一方面，索额图作为皇太子的支持者，有可能会被认为是在培养一个可能挑战皇权的力量；另一方面，康熙帝对胤礽的不满也在逐渐积累。康熙帝开始怀疑索额图是否有意借助胤礽的力量来扩大自己的政治影响力。
随着康熙帝对胤礽的不满日益增长，索额图也逐渐陷入了困境。康熙帝开始听信关于索额图的各种不利言论，特别是来自高士奇等人的谗言。高士奇曾是索额图的幕僚，后来与索额图产生了矛盾，并投靠了康熙帝的另一宠臣明珠。高士奇等人趁机诬陷索额图，声称他与胤礽密谋篡位，这进一步加剧了康熙帝对索额图的怀疑。
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