一、追随太祖
钮祜禄·额亦都与努尔哈赤的相遇，是清朝早期历史中一个重要的转折点。1580年，也就是明朝万历八年，额亦都的人生轨迹发生了根本性的转变。这一年，努尔哈赤途经嘉木瑚寨，这是一个位于今天辽宁省抚顺境内的地方，而额亦都正居住于此。努尔哈赤借宿在额亦都的姑父穆通阿家中，两人因此有了交集。
据记载，额亦都与努尔哈赤初次见面便相谈甚欢，两人彻夜长谈，彼此间的交流让额亦都深感相见恨晚。努尔哈赤当时虽然只是一个小小的部落首领，但他胸怀大志，对未来有着宏伟的规划。额亦都被努尔哈赤的抱负所感染，决定追随他，即便这意味着要离开亲人和熟悉的环境。面对姑姑的反对，额亦都毅然决然地说：“大丈夫生于世间，岂能碌碌而终。我一定会建功立业，不让姑姑担忧。”次日，额亦都便告别了姑姑，随努尔哈赤一起离开了嘉木瑚寨。
努尔哈赤当时的处境十分艰难，家中仅有十三副盔甲，这象征着他的实力微弱。努尔哈赤的族人龙敦等人因为害怕明朝政府，企图通过杀死努尔哈赤来换取明朝的赏赐。因此，他们派遣了一些人，在夜间潜入努尔哈赤的住处意图行刺。此时，额亦都的重要性凸显出来。由于额亦都一直随侍在努尔哈赤左右，这次暗杀行动未能得逞。额亦都不仅保护了努尔哈赤的安全，还为努尔哈赤提供了坚定的支持，使他能够在逆境中继续坚持下去。
二、征战诸部
从1583年开始，额亦都在努尔哈赤麾下展现出了卓越的军事才能。1583年，努尔哈赤起兵讨伐尼堪外兰，额亦都随军出征。在这一系列战役中，额亦都表现出色，他不仅帮助努尔哈赤夺取了图伦城、色克济城、舒勒克布占城等重要地点，而且还凭借自己的勇猛和智慧赢得了努尔哈赤的信任。
1587年，额亦都率军攻打巴尔达城时，遭遇了意想不到的困难。当时，浑河水位上涨，阻碍了军队前进的道路。面对这种情况，额亦都展现出非凡的领导能力和勇气，他命令士兵们用绳子系在身上，采取鱼贯的方式渡河。在成功渡过浑河后，额亦都带领着勇士们连夜发动进攻。在激烈的战斗中，额亦都的大腿被敌人的箭矢射穿，甚至被钉在了城墙上。尽管身受重伤，额亦都仍然挥刀砍断箭矢，继续奋战，最终身中五十多处创伤，仍然坚持作战，最终成功夺取了巴尔达城。努尔哈赤对额亦都的表现极为赞赏，授予他“巴图鲁”（勇士）的称号。
随后几年里，额亦都继续在战场上立下了赫赫战功。在对萨克察的战役中，额亦都率军连下克尼玛兰城、章家城、索尔瑚寨等地。有一次，界藩城发生了盗马事件，额亦都单骑追击盗马贼科什，不仅将其斩杀，还成功夺回了被盗的九匹马。此外，他还诛杀了叛变的嘉木瑚人贝挥巴颜及其家人，维护了努尔哈赤的权威。
1593年，叶赫、乌拉、哈达等九部联军进犯建州，攻打黑济格城。在这场规模庞大的战役中，努尔哈赤亲自指挥抵抗，并派遣额亦都率领一百骑兵发起挑战。额亦都在战斗中斩杀了九名敌人，击退敌军，并生擒了叶赫贝勒布寨，趁胜夺取了诺赛寨、兆佳村。不久之后，纳殷路首领搜稳塞克什再次集结兵力，占据佛多和山。额亦都与噶盖、安费扬古联手，攻破佛多和山，成功斩杀了搜稳塞克什。
在接下来的几年中，额亦都继续随努尔哈赤征战四方。1599年，他参与了平定哈达部的行动；1607年，他随贝勒巴雅喇征讨东海女真渥集部，夺取了席黑、俄漠和苏鲁、佛讷赫拖克索等地；1610年，他又奉命安抚渥集部的那木都鲁、绥分、宁古塔、尼玛察四路，并成功招降了康古礼等十九人，随后夺取了雅揽路；1611年，他与何和礼、扈尔汉征伐渥集部虎尔哈路，攻克了札库塔城；1613年，他又随军平定了乌达部。
三、大败明军
1615年，努尔哈赤正式创建了八旗制度，额亦都被编入镶黄旗，这标志着他在努尔哈赤政权中的地位得到了进一步的巩固。仅仅一年后，1616年，努尔哈赤自立为汗王，建立了后金政权，并任命额亦都、费英东、何和礼、扈尔汉、安费扬古为五大臣，共同执掌国家大事。这一举措不仅体现了努尔哈赤对这些将领的信任，也反映了他们在努尔哈赤心中的重要地位。
1617年，额亦都与安费扬古一起，开始了对明朝边疆的进攻，相继夺取了马根单、花豹冲、三岔儿等重要堡垒，进一步扩大了后金的领土范围。这些胜利增强了后金的信心，也为后来更大规模的战役奠定了基础。
1619年，明朝辽东经略杨镐组织了大规模的军事行动，试图遏制后金的扩张。杨镐分兵进犯后金，四大贝勒之一的代善率军抵御。在太兰冈，代善提出等待努尔哈赤到达后再行动，但四贝勒皇太极认为应该立即行动，以保护界藩城的筑城役丁，并避免向敌人示弱。额亦都对此表示赞同，并支持皇太极的观点。
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