在一次讨论分封诸王的问题时，索尼坚决反对，这引起了多尔衮的不满。巩阿岱和锡翰则向多尔衮进言说索尼不愿意让多尔衮执掌朝政，请求多尔衮惩处索尼，但多尔衮并未同意。索尼揭发固山额真谭泰私藏谕旨，导致谭泰被削去公爵。作为报复，谭泰控告索尼将内库的漆琴私赠他人，索尼因此被削去了爵位。
顺治三年（1646年），章京图赖弹劾谭泰心怀不满，指控中牵涉到了索尼。清军分道进剿西安的农民军时，谭泰迟疑不决，未能立功。豫亲王多铎进攻江南时，谭泰和图赖都不愿前往。图赖将此事告知索尼，希望索尼能上报睿亲王多尔衮。然而，送信人担心谭泰会因此获罪，擅自将书信丢弃。图赖再次提起此事，并逮捕了送信人塞尔特，强迫他撒谎说书信已交给索尼。索尼因此被判有罪，面临死刑，但在多尔衮亲自审讯索尼后，事情的真相被揭露，索尼不久便恢复了世职，但多尔衮和谭泰等人仍旧对其怀恨在心。
顺治五年（1648年），正值清明节前夕，多尔衮派遣索尼前往盛京拜祭昭陵。就在索尼即将出发之际，贝子屯齐诬告索尼与图赖等人密谋拥立肃亲王豪格为帝。按照当时的法律，索尼应被处死，但朝廷最终从轻发落，索尼被剥夺官职，家中财产被没收，并被流放到昭陵。
四、起复任职
顺治八年（1651年），顺治帝亲政后特召索尼回朝，恢复了他先前的世职，并逐步晋升他为世袭一等伯。索尼还被提拔为内大臣，兼任议政大臣、总管内务府等要职，成为顺治朝首席满洲大臣。在任期间，索尼推行了一系列重要的改革措施，对缓和社会矛盾、推动经济发展起到了积极作用。
索尼注重法度严明，力求做到赏罚分明。他提出了一项重要建议：除了开国元勋可以享有世袭官职外，今后除非有特殊战功，不应轻易授予世袭待遇。这一提议旨在减少特权阶层的膨胀，确保官职授予更加公平合理。
此外，索尼还主张打击奸商，抑制豪强，以此来保护普通百姓的利益。他深知社会矛盾的根源在于贫富差距过大和司法不公，因此特别关注改善这些状况。顺治十七年（1660年），索尼应诏上言，提出了多项具体建议。
索尼指出，民间存在冤屈现象，但相关部门并未认真审理案件。为此，他请求朝廷加强监督，确保能够及时了解民间情况，避免冤假错案的发生。他还建议，对于犯罪行为，相关衙门应严格执法，以免出现冤枉的情况。
在谈到官职世袭问题时，索尼建议，除了开国功臣以外，今后授予的官职应当根据实际战功来决定是否可以世袭。这样既能保证官职授予的公正性，又能激励官员们为国家做出更大的贡献。
针对地方治理问题，索尼提出，不同地区的风俗习惯各异，如果强制执行同一套法令，可能会引起不必要的纷争。因此，他建议对地方事务采取更加灵活和宽容的态度。
索尼还关注到了大臣们的不当行为，如骚扰商旅、私引玉泉山水用于灌溉，以及侵占边境和外地的木材资源等。这些行为不仅损害了商人的利益，还可能导致资源的枯竭。因此，他请求朝廷采取措施加以制止。
此外，索尼还指出了朝廷大臣过于关注个人享乐而非公事的现象，如花费大量精力装饰自己的府邸。他认为这种行为不利于国家的发展，请求朝廷对此类行为进行整顿。
顺治帝采纳了索尼的建议，并下令实行。索尼的这些措施对于促进社会和谐、保障百姓权益以及提高政府效率等方面起到了积极的作用。
五、辅臣之首
顺治十八年（1661年），顺治帝驾崩，遗诏指定三皇子玄烨继位，同时任命索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜四人为辅政大臣，共同辅佐年幼的新君。索尼得知顺治帝的遗命后，立即向诸王贝勒表达了自己的忠诚与决心，请求他们共同担负起国家重任。诸王贝勒纷纷表示认同和支持，认为这是顺治帝对四大臣能力的信任。
随后，索尼等人向皇太后孝庄禀报此事，并在皇天及顺治帝灵前盟誓，誓言内容表达了他们誓死效忠幼主的决心，以及共同辅政、不结党羽、不受贿赂、忠心报国的承诺。誓词反映了四大臣忠君报国的共同心愿，为辅政时期奠定了坚实的基础。
在辅政的最初几年里，四大臣确实遵循了誓言，团结协作，共同为国家的稳定和发展作出了贡献。在军事上，他们继续扫荡南明残余势力和农民军余部的抗清斗争，最终完成了对全国的完全统一。随着战争的结束，国家形势趋于稳定，这为恢复和发展农业生产创造了必要的条件。
四大辅臣采取了一系列措施来恢复和发展农业生产。他们通令各地安置流民，鼓励垦荒，并制定奖励政策，取得了显着的效果。耕地面积稳步增长，农业生产力得到了迅速的恢复。此外，他们还实行赈济蠲免政策，减轻了民众的负担。这些措施得到了外界的认可，朝鲜的记载中提到：“府库充溢，年谷屡登，人物繁盛。”
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