不久后，皇太极再次派人赐予羊酒，并下达诏书，表达了希望耿仲明和孔有德能够为国家效力的愿望。为了缓解两人之间的紧张关系，皇太极让他们共同驻守辽阳。
崇德元年（1636年）四月，皇太极正式称帝，并改国号为大清。在这个重要的时刻，耿仲明被封为怀顺王，与孔有德、尚可喜一起被称为“三顺王”。在接下来的时间里，耿仲明多次跟随皇太极出兵讨伐明朝以及攻打朝鲜，成为了清朝军队中的重要将领。
崇德七年（1642年）八月，皇太极将汉军（乌真超哈）分为八旗，耿仲明被编入正黄旗。同年九月，耿仲明部下的甲喇额真石明雄弹劾耿仲明，指控他私自藏匿了松山、杏山的人口，并且为一些被依法处决的逃人收尸设祭，此外，他的部下还出现了滥杀无辜的情况。这些指控被查证属实后，耿仲明被处以罚款一千两白银的处罚。
到了崇德八年（1643年）十一月，甲喇额真宋国辅、潘孝和石明雄等人密谋杀害耿仲明。耿仲明事先得知了这一阴谋，立即上报给了皇太极。皇太极调查核实后，下令将宋国辅等人斩首，并查抄他们的家产赏给了耿仲明，以此来表彰耿仲明的忠诚和警惕。
四、征战南方
顺治初年，清朝的军事扩张势如破竹，其中，耿仲明作为一位重要的军事将领，在南方战场上留下了深刻的印记。顺治元年，他紧随睿亲王多尔衮的脚步，踏入中原，一路追击农民军领袖李自成，直至望都方止。随后，他又转战陕西，协助豫亲王多铎彻底清扫李自成残余势力，之后转战南方，投身于平定江南的战役中，以赫赫战功赢得了朝廷的嘉奖，并受命镇守辽阳，稳固边疆。
顺治三年，孔有德被任命为平南大将军，肩负起征讨南明永历政权的重任。耿仲明和尚可喜积极响应，率部南下，成为孔有德麾下不可或缺的力量。顺治四年，耿仲明在牛皮滩与明将杨国栋展开激战，凭借卓越的指挥才能和将士们的英勇奋战，他成功击溃敌军，并乘胜追击，相继攻占了衡州、祁阳、武冈等地，生擒明将郭肇基，极大地震慑了南明政权。
然而，耿仲明在进攻广西的途中遭遇了挫折。在全州，他遭遇了南明将领何腾蛟、瞿式耜等人的顽强抵抗，战事陷入胶着，耿仲明不得不退守永州，暂时调整战略。顺治五年，局势出现转机，全州守将唐文曜、王有成归降，清军借此机会再次发动攻势，但桂林之战中，他们再次遭遇南明军的有力反击，未能如愿。最终，根据清廷的命令，孔有德、耿仲明和尚可喜三人率领的南征大军撤回京城，结束了这段波澜壮阔的南征历程。
顺治六年，耿仲明因功被改封为靖南王，并获赐象征尊贵与权力的金册金印，其军事生涯达到了一个新的高峰。
五、自缢身死
自归降清朝以来，耿仲明与孔有德一直是并肩作战的伙伴，两人从未单独出征。然而，在顺治六年（1649年），耿仲明与孔有德的军事行动出现了分离。孔有德南下攻打广西，而耿仲明则与尚可喜一同征讨广东。此时，耿仲明率领原有兵马二千五百人，加上新增兵力七千五百人，合计一万人，并以徐得功为左翼总兵、连得成为右翼总兵，准备展开新的战役。
正当耿仲明准备整军出发之际，刑部向朝廷报告称，耿仲明的部将梅勒章京陈绍宗等人纵容部下私自藏匿逃人，这一行为触犯了清朝严格的逃人法，按律应当处以极刑。逃人法是清朝初年为了加强对满洲贵族和八旗军民的控制而制定的一项重要法律，私藏逃人被视为严重的犯罪行为。
摄政王多尔衮随即指示耿仲明调查私自藏匿逃人的随征将士。经过调查，耿仲明查出了三百多人涉嫌违法。随后，耿仲明上书朝廷请罪。大臣们在讨论后认为，耿仲明应该被削去爵位作为处罚。然而，多尔衮决定宽大处理此事，仅对陈绍宗等人进行了处罚，免除了他们的死罪。
然而，在顺治六年（1649年）十一月，尚未得知朝廷宽大处理消息的耿仲明，在前往广东征讨的路上，行至江西吉安时自缢身亡。关于耿仲明的死因，还有一种说法认为是总督张存仁受清廷密令，设计逼迫耿仲明自杀。
耿仲明死后，多尔衮认为他未能善终，决定不予赐祭，也不允许其子孙继承爵位。直到顺治帝亲政后，才同意让耿仲明的儿子耿继茂承袭爵位。
耿仲明的去世，不仅结束了他复杂多变的一生，也反映了清朝初年对于逃人法的严格执行以及对官员行为的高度监管。耿仲明的故事不仅体现了个人命运的起伏，也反映了那个时代特有的政治环境和社会氛围。尽管耿仲明的晚年遭遇了不幸，但他的后代还是得以继续在清朝的政治舞台上发挥作用。
结语
耿仲明的一生充满了传奇色彩，他的选择和行动反映了那个时代复杂多变的政治环境和个人命运的无奈。从一名明朝的参将到清朝的重要藩王，耿仲明的故事不仅是一个个人的命运起伏，更是中国历史上一段重要的变革时期的缩影。他的生平不仅是对个人忠诚与背叛的思考，也是对中国古代社会转型期的一种深刻反思。
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