在战斗中，舒尔哈齐并未参与，而是旁观整个过程，甚至连他的部下常书和纳齐布也未加入战斗。由于舒尔哈齐的消极行为，尽管褚英和代善最终击败了乌拉部骑兵，但未能给予乌拉部致命打击。此次事件后，努尔哈赤计划处死常书和纳齐布，以惩罚他们在战场上的退缩行为，同时也借此机会削弱舒尔哈齐的力量。
面对努尔哈赤的严厉惩罚，舒尔哈齐表现出了强烈的抗议，声称如果要处死常书和纳齐布，就等于要他的命，他坚决不接受。在这样强硬的态度下，努尔哈赤为了避免兄弟间的公开冲突，最终做出妥协。努尔哈赤只对常书处以一百两黄金的罚款，并没收了纳齐布的人马。
四、另立门户
万历三十五年（1607年），在经历了乌拉部拦截事件及其后续的政治打击之后，舒尔哈齐的地位急剧下滑，他意识到自己与兄长努尔哈赤之间的矛盾已难以调和。舒尔哈齐开始与长子阿尔通阿、三子扎萨克图商议，图谋另立门户，以求独立。
为了实现这一目标，舒尔哈齐带着几个儿子和一些忠于自己的部下，来到了铁岭东南的黑扯木地区。在这里，他们开始伐木建造房屋，准备开辟一个新的根据地。选择黑扯木作为立足点是有其战略意义的：这里邻近明朝的重要军事重镇铁岭，可以得到明朝的直接保护；同时，黑扯木东面与乌拉部落相邻，可以随时获得盟友的支持。
随着舒尔哈齐与努尔哈赤之间的关系越来越疏远，他开始更加倾向明朝，并寻求明朝的支持。这一变化被明朝辽东总兵李成梁察觉。李成梁认为这是一个分化女真各部的大好机会，于是开始有意挑起矛盾冲突，以削弱努尔哈赤的势力。为此，李成梁上奏朝廷，请求册封舒尔哈齐为建州右卫首领，以增强其在女真各部中的地位，并进一步分化建州女真内部的力量。
这一举措无疑加剧了舒尔哈齐与努尔哈赤之间的对立。努尔哈赤对此感到愤怒，他认为这是对自己的公然挑衅。在努尔哈赤看来，舒尔哈齐的行为不仅是对家族的背叛，更是对努尔哈赤领导地位的挑战。努尔哈赤开始采取行动，阻止舒尔哈齐的计划。
努尔哈赤的反应迫使舒尔哈齐必须采取更加谨慎的行动。尽管努尔哈赤没有立即采取极端手段，但舒尔哈齐的计划还是引起了努尔哈赤的高度警觉。努尔哈赤一方面加强对舒尔哈齐的监视，另一方面也加紧了对建州女真内部的控制。
五、幽禁致死
万历三十七年（1609年），努尔哈赤面对舒尔哈齐的另立门户之举，首先尝试劝说舒尔哈齐放弃自立为王的想法。然而，劝说并未取得效果，努尔哈赤决定采取强硬措施。同年三月，努尔哈赤下令将舒尔哈齐的长子阿尔通阿和三子扎萨克图处死，并处决了舒尔哈齐的部将武尔坤。努尔哈赤还打算处死舒尔哈齐的次子阿敏，但在皇太极等人的极力求情下，阿敏得以保住性命，但被没收了一半家产。
面对兄长的严厉手段，舒尔哈齐意识到自己的实力远不及努尔哈赤，加之他原本所指望的明朝军队在辽东的局势并不乐观，根本无力抗衡努尔哈赤。在这样的绝望境地中，舒尔哈齐回到了努尔哈赤的帐下，但这次努尔哈赤不再讲求兄弟情谊，而是将舒尔哈齐囚禁在一间暗室中，并用铁锁锁住，只留下两个孔穴供送食物。
万历三十九年（1611年）八月十九日，舒尔哈齐在囚禁中去世，享年四十八岁。关于他的死因，有一种说法是他被努尔哈赤秘密杀害。舒尔哈齐死后，最初安葬于永陵（今辽宁省新宾县），直到天命九年（1624年），其遗骸才被迁葬至辽阳东京陵。尽管舒尔哈齐生前与努尔哈赤产生了严重的冲突，但他的后代并未因此受到牵连，其中六子济尔哈朗后来成为了辅政王，一度掌管清廷政权。顺治十年（1653年），清朝追谥舒尔哈齐为“庄”。
结语
爱新觉罗·舒尔哈齐的一生充满了传奇色彩，他既是努尔哈赤的得力助手，又是其政见上的对手。从共同创业到最终的悲剧结局，舒尔哈齐的故事不仅是个人命运的写照，也是清初复杂政治环境的一个缩影。尽管他的生命以悲剧收场，但他在历史上的地位不可忽视，他的故事至今仍然值得我们去探讨和反思。
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