刘綎手下的许多将领都是其父刘显的老部下，这些将领个个强健且经验丰富，这让刘綎自视甚高。然而，刘綎本人却有贪财的恶习，并且在管理部下方面缺乏有效的方法。在部队从缅甸撤回腾冲时，士兵们身穿铠甲大声喧哗，甚至焚烧百姓的房屋，造成了严重的社会动荡。得知此事后，刘綎立即飞马赶往现场，并用大量金钱犒赏士兵，才勉强稳住了局面。然而，思顺担心自身安全受到威胁，最终选择了叛逃。
鉴于刘綎在治理军纪方面的失职以及思顺的叛变，万历皇帝下诏解除了刘綎的副总兵职务，将其降为游击将军，听候进一步的调遣。
四、罗雄之乱
1585年（万历十三年），罗雄知州者继荣谋杀了其生父者浚，这一行为在当时被视为极为严重的罪行。在和尚王道和张道的唆使下，者继荣纠集了一批党羽，并使用符术训练士兵，准备发动叛乱。者继荣和他的党羽四处抢劫，破坏了当地的安宁，引发了严重的社会动荡。
面对这样的情况，巡抚刘世曾迅速采取行动，派遣刘綎和裨将刘绍桂、万鏊分路讨伐叛乱分子。刘綎在这次行动中展现出了非凡的军事才能，他率领部队连克三座城池，迅速平定了叛乱。这一系列胜利不仅有效地遏制了叛乱的蔓延，还恢复了当地的秩序。
然而，在平乱之后，有人指控刘綎私藏了从叛乱分子那里缴获的财宝，这使得刘綎的功绩受到了质疑。尽管有人对刘綎的行为提出非议，但巡抚刘世曾坚信刘綎的清白，并为其辩护。最终，刘世曾说服朝廷认可了刘綎的贡献，并赏赐给他白金作为奖励。
不久之后，刘綎被重新启用，担任广西参将一职，随后又被调任至四川。这次调动不仅证明了刘綎的能力得到了认可，也体现了朝廷对他军事才能的信任。刘綎在四川继续发挥着自己的作用，为保卫边疆和平稳定做出了贡献。
五、远征朝鲜
1592年（万历二十年），刘綎被授予五军三营参将之职。恰逢此时，日本丰臣秀吉政府入侵朝鲜，朝鲜面临着前所未有的危机。刘綎闻讯后，主动请求率领五千名四川士兵前往朝鲜支援。万历皇帝对此表示支持，并下诏让刘綎以副总兵的身份率领军队出征朝鲜。
刘綎抵达朝鲜之时，日本军队已经放弃了朝鲜的首都（当时的名称为王京）并撤离。刘綎随即率军直奔尚州乌岭。乌岭是一处长达七十里的险峻山岭，沿途都是悬崖峭壁，仅有一条狭窄的道路可供通行。日本军队凭借这样的天险，据守乌岭，对明军形成了极大的挑战。
为了突破这一防线，刘綎采用了迂回包抄的策略。他派遣别将查大受、祖承训等人从小路绕过槐山，从乌岭的背后突然出现。这一突如其来的行动让日本军队措手不及，感到极度恐慌。日本军队被迫从乌岭撤退，转而驻扎在釜山浦。
刘綎与祖承训等人随后率领军队进兵屯驻大丘、忠州，并利用全罗水军在釜山海口布设防线，有效地遏制了日本军队的攻势，朝鲜的局势因此得到了初步的稳定。
不久之后，明军将领李如松命令刘綎屯兵陕川，以防范日本军队可能的反扑。在刘綎的带领下，明军在这一地区取得了一系列胜利。随着战局的发展，日本军队迫于压力，不得不将朝鲜王子送回朝鲜，以示和解之意。见此情况，明神宗下令大部分明军撤回国内，仅留下刘綎和吴惟忠共计七千六百人，分别扼守朝鲜各地的重要军事要地。
六、贿赂转官
播州土着首领杨应龙叛乱之后，明政府面临严峻的边疆安全问题。为了应对这一危机，朝廷决定提拔刘綎为四川总兵官，以增强当地的力量，镇压叛乱。然而，在这个关键时刻，刘綎试图通过非正式手段获得更高的官职和荣誉。
为了达到目的，刘綎私下里贿赂了御史宋兴祖，希望后者能够帮助他在朝廷中推动自己的功绩得到更高的评价，并借此机会获得破格提拔。然而，这种不正当的行为并没有逃脱朝廷的监察。宋兴祖意识到事情的严重性，决定将此事上报给上级官员。
按照当时的法律规定，刘綎的这种行为应当受到革职的处罚。吏部在接到报告后，对此事进行了讨论。考虑到刘綎过去在抗击缅甸和朝鲜战争中的出色表现以及对国家做出的重大贡献，吏部决定采取较为宽容的态度。最终，吏部建议革除刘綎在云南时加封的所有官阶，并保留其副总兵的职位，以副总兵的身份镇守四川。
就在这个时候，杨应龙提出愿意停战求和，而青海地区盗匪的活动也日益猖獗。为了更好地应对这些新的挑战，朝廷决定特设临洮总兵官一职，并调任刘綎担任这一重要职务。这一举措不仅解决了当时的政治难题，也给了刘綎一个弥补错误的机会，让他有机会继续为国家服务。
七、复征朝鲜
1597年（万历二十五年）五月，第二次朝鲜战争爆发。为了应对日本的再度入侵，万历皇帝下诏任命刘綎为防御倭寇的总兵官，提督汉人和土着士兵前往朝鲜作战。刘綎直到次年二月才抵达朝鲜，此时杨镐和李如梅已经遭受了战败。
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