御史汪先岸曾弹劾杨镐的其他不当行为，但内阁大臣庇护了他，甚至拟了一道表彰他的圣旨，但这道圣旨一直没有公开发布。赞画主事丁应泰在得知杨镐战败的消息后，前往询问未来的计划。杨镐向丁应泰展示了张位和沈一贯的亲笔信以及那道未发布的圣旨，并以此炫耀自己的“功绩”。丁应泰对此极为愤怒，随即上书详细报告了战败情况，并列举了杨镐应受责罚的二十八条罪状以及十个可耻的行为，同时弹劾张位和沈一贯与其共谋。
万历帝闻讯后非常愤怒，想要依法处置杨镐及其同谋者。首辅赵志皋进行了营救活动，最终万历帝罢免了杨镐，让他等待调查结果，并派遣天津巡抚万世德接替了他的职务。此后，随着东征朝鲜的事态逐步平息，给事中杨应文提及杨镐之前的功绩，万历帝下诏同意再次启用杨镐。
四、复为巡抚
万历三十八年（1610年），杨镐被重新起用为辽东巡抚。在他任职期间，曾率军袭击了 炒 花部落，这一举动遭到了御史田生金的弹劾，指责他无故挑起了边疆争端。此时辽东地区战事频繁，杨镐力荐李如梅担任大将，希望能够加强辽东的防御力量。然而，他的建议受到了给事中麻僖和御史杨鹤的反对，他们对李如梅的任命提出了弹劾。面对这样的局面，杨镐上书为自己辩解，并请求辞去职务。神宗皇帝并未对他的辞职请求做出明确回应，杨镐最终选择自行离任，回到了家乡。
万历四十六年（1618年）四月，后金领袖努尔哈赤宣布七大恨并以此为由向明朝宣战，迅速攻占了抚顺，守将王命印战死。辽东巡抚李维翰紧急动员总兵官张承荫前往增援，但张承荫与副总兵颇廷相等将领均在战斗中牺牲，辽东局势顿时陷入一片混乱。鉴于杨镐对辽东地区的军事情况较为熟悉，朝廷决定起用他为兵部右侍郎，并委派他为经略，负责指挥辽东战事。
杨镐到任后，立即着手整顿军纪，积极招募和集结各地的援军，准备大规模反击。同年七月，后金军通过鸦鹘关攻下了清河，副将邹储贤在战斗中阵亡。为了稳定军心，万历帝特赐杨镐尚方宝剑，赋予他斩杀总兵以下级别将领的权力。随后，杨镐将清河之战中逃跑的将领陈大道和高炫处决，并在军中示众，以此来警示其他将士。
随着冬季的到来，各地援军陆续抵达辽东，杨镐决定发起进攻。然而，当时出现了一系列不祥之兆，包括一颗名为“蚩尤旗”的彗星横贯天际，以及天象中的陨星现象和地震，一些有识之士认为这些都是预示着即将到来的失败。尽管如此，大学士方从哲、兵部尚书黄嘉善、兵科给事中赵兴邦等人仍坚持认为部队长期驻扎会消耗大量粮饷，于是他们不断催促杨镐出兵。
在朝廷的压力之下，杨镐组织了一支庞大的军队，准备与后金决战。但遗憾的是，由于战略失误和其他种种原因，这次大规模的军事行动并未取得预期的效果。尽管杨镐在辽东再次复出，但他面临的挑战远比以往更加严峻。这次复出不仅未能挽回辽东的颓势，反而加速了辽东局势的恶化，为后来明朝在辽东的全面崩溃埋下了伏笔。
五、决战萨尔浒
万历四十七年（1619年）正月，杨镐召集总督汪可受、巡抚周永春、巡按陈王庭等官员，决定在二月十一日誓师，并于二十一日出塞作战。他制定了一个详细的作战计划，将兵力分为四路，分别从四个方向进攻后金的领土。
总兵官马林负责率领部队从开原出发，攻打北面；杜松则从抚顺出发，向西进攻；李如柏从鸦鹘关出发，直扑清河，攻打南面；东南方向则由刘綎率领部队从宽甸出发，经由凉马佃，对后金实施侧翼攻击，并计划使用朝鲜军队提供支援。这四路大军号称共有四十七万兵力，约定在三月二日于二道关会合后共同前进。
然而，计划的执行并不顺利。当时正值隆冬季节，大雪纷飞，恶劣的天气条件严重影响了部队的行进速度。此外，出兵的具体时间也被泄露给了后金方面。
杜松急于建立功勋，提前渡过了浑河，并开赴二道关。不料，后金军队早已设伏，待杜松部队接近时突然发起攻击，杜松的部队几乎全军覆没。马林原本计划从三岔口出发，得知杜松战败的消息后，便停下了脚步，结营自保。
此时，杨镐得知杜松战败的消息，急忙传令让李如柏和刘綎的部队停止前进。李如柏收到命令后，停止了进军。刘綎的部队当时已经深入敌境三百里，抵达浑河附近。后金军队开始攻打刘綎的部队，但未能取得明显进展。后来，后金军队采用计谋，伪装成杜松部队的模样，成功混入刘綎的营地。刘綎发现后，奋勇抵抗，最终在战斗中牺牲。
只有李如柏的部队保持了完整的建制，未受重大损失。此次战役，明军损失惨重，据统计，文武将吏共有三百一十多人阵亡，士兵损失达四万五千八百多人，丢失的马匹、骆驼以及武器装备更是不计其数。
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