四、暂受招抚
崇祯九年（1636年）初，农民军已经发展壮大到几十万人，在河南会合时，常连营百里，而张献忠的部队就有十万人以上。同年九月，闯王高迎祥在战斗中遇伏被俘，并被凌迟处死。李自成等大部转战于潼关以西地区，而张献忠的部队则成为潼关以东地区官军攻击的主要目标。张献忠的部队在鄂、豫、皖等地辗转作战，多次打败官军。尤其是在攻进河南时，一举占领了许州，并杀了左良玉的哥哥。次年三月，在安庆家店的战斗中，张献忠的部队又击毙了明将潘可大等人。
然而，由于流民军各部缺乏统一部署和协同行动，每部各自为战，到了崇祯十一年（1638年）春，各路农民军均连遭挫折。特别是崇祯十年（1637年）四月，明朝兵部尚书、内阁大学士杨嗣昌策划了“四正”、“六隅”、“十面张网”的围剿战略，李自成在陕西遭到几次失败，刘国能等也在河南归顺朝廷，这些情况都给张献忠的队伍带来了巨大的困难。
张献忠在进袭南阳的战斗中被左良玉的军队击败，本人也受伤，幸亏被部下孙可望力救脱险，随后带着部队退居谷城（今属湖北）。在官军的强大攻势下，为了保存实力，张献忠在谷城、罗汝才在郧阳，分别接受了兵部尚书熊文灿的“招抚”。受“招抚”后，张献忠拒绝接受改编和调遣，不接受官衔，保持了自己的独立性。他将四万人的部队分布在总部谷城的四周，分为四个营地，每个营地设一名大将率领。在休整期间，张献忠积极集草屯粮，打造军器，招兵买马，训练士卒。此外，他还经常请人给他讲解《孙子兵法》，并结合战例，总结经验和教训，等待时机再次崛起。
五、再举义旗
崇祯十二年（1639年）五月，张献忠在谷城重举义旗，迅速打垮了守备谷城的官军，杀了县令阮之钿和巡按御史林铭球，拆毁了城垣，劫库纵囚。明朝监军道张大经和马廷宝、徐起祚被迫投降。张献忠离开谷城时，将官府上下大小官员向他索贿的名单、数额和时间详细地写在城内外的墙壁上，使百姓看清了明朝政治的腐败。
张献忠再起时，罗汝才、马守应部也起而响应，并到谷城与张献忠会合。隐伏在商雒山中的李自成也重整旗鼓，经湖北郧、均地区进入河南。农民起义的烽火，又一次在中原大地上燃烧起来。
熊文灿得知农民军再起的消息后，立即调左良玉和罗岱领兵追剿。张献忠将大军埋伏在房县以西的罗猴山，布置了陷阱，并派出一支队伍佯装败退，引诱官军入山，伏兵围攻，官军一万多人全部溃散，罗岱被活捉，左良玉丢盔弃甲，狼狈逃窜，甚至遗失了军符印信。
崇祯帝得知消息后，一怒之下撤了熊文灿的职，并将其逮捕杀害；左良玉则被降三级，带罪随军立功。接着，朝廷改派大学士、兵部尚书杨嗣昌督师，总督以下均听其节制，再次展开对农民军的大规模围剿。
杨嗣昌一到襄阳，就实施了他策划的“四正”、“六隅”、“十面张网”的战略。他集结了十万大军，并檄令河南、四川、陕西、郧阳诸抚镇将领，分扼要冲，主要任务是全力围剿张献忠和李自成。起初，张献忠不了解情况，接连失利，处于非常被动的局面。后来通过情报摸清了官军的底细，张献忠说服罗汝才，两军联合，加强了农民军的力量。
农民军采用了“以走制敌”、“避实击虚”、出没无常的战术来对付官军。同时，张献忠加强了情报工作，派出很多机灵的军士扮成商人小贩，四处探听消息。老百姓也常把官军的动向告诉农民军，还常给张献忠的队伍做向导。因此，农民军能及时掌握敌情，迅速采取军事行动，打得官军措手不及。然后迅速转移，使官军摸不清农民军的去向，难以追击。
尽管如此，农民军被困在官军的包围圈里仍十分不利，随时都有被围歼的危险。为此，张献忠认为必须彻底粉碎官军的围剿计划，跳出包围圈外去作战，才能更有力地打击官军。
六、入川作战
崇祯十三年（1640年）闰正月，张献忠在枸坪关被左良玉击败，率部突入四川。入川途中，在太平县的玛瑙山又受到郑崇俭和左良玉的夹击，伤亡惨重。接着又受到湖广军、四川军和陕西军的追击堵截，农民军连续遭受重创，退居兴安归州山中，被左良玉等军围困，陷入了困境。为了摆脱绝境，张献忠利用杨嗣昌和左良玉之间的矛盾，派人携带重宝贿赂左良玉，对他说：“正是因为我的存在，朝廷才重用你，你的部下乱杀无辜，朝中早有人看在眼里，如果我不在了，那么离你死也不远了。”这一策略让左良玉斗志松懈，张献忠乘机收聚散亡，在山民的帮助下，走出兴安，与罗汝才等部会合。张献忠又利用四川巡抚邵捷春和杨嗣昌之间的矛盾，集中兵力，猛攻邵捷春防守的新宁（今四川开江）。邵捷春根本没有想到农民军如此神速，官军一触即溃。农民军突破新宁防线后，顺利地进入了四川。
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