十月十四日，祖大寿派义子祖泽润向后金军送信，表达了谈判意愿。经过一系列交涉，十月二十六日，祖大寿与后金代表进行了面对面的谈判，提出了取锦州以换取与家人团聚的条件。皇太极则回应，取锦州之事应由祖大寿自行完成，前提是祖大寿需先出城投降。
最终，在十月二十八日，祖大寿做出了决定性的行动，他杀害了反对投降的副总兵何可纲，随后与皇太极进行了庄严的盟誓仪式。当晚，祖大寿进入后金大营，与皇太极及诸贝勒进行了深入的交谈，皇太极以盛宴款待，赠送了珍贵的礼物，包括黑狐帽、貂裘、金玲珑鞓带、缎靴、雕鞍白马等，并同意了祖大寿提出的取锦州的计划。
六、逃归锦州
祖大寿的逃归锦州，是其一生中最戏剧性和充满争议的篇章之一。在与皇太极的盟誓后，祖大寿原本计划作为内应，协助后金攻取锦州。然而，命运似乎并不打算让这场精心策划的行动轻易实现。十一月初一日，祖大寿与部将施大勇等人在浓雾的掩护下，成功逃离了后金军营，回到了锦州城中。这一出逃，无论是出于祖大寿自身的计谋，还是得益于城内明军的突然出击，都成为了历史上的一个谜团。
回到锦州后，祖大寿面临着来自朝廷的责难。尽管他解释称是通过计谋脱身，但大凌河之败的责任依然需要有人承担。因此，他被削去了少傅的头衔，由左都督降为都督同知，但崇祯帝对他的“忠智脱围”给予了肯定，未准其辞职，而是继续委任他为辽东前锋总兵，驻守锦州。这一决定，既体现了皇帝对祖大寿过往功绩的认可，也显示了朝廷在边疆危机中的无奈与妥协。
祖大寿逃回锦州后，与皇太极之间的通信频繁，内容涉及对锦州城的内应计划。祖大寿在信中解释了自己无法献城的原因，提到了城内守备森严，且非全为自己心腹，这使得他难以实施原定的计划。他承诺将来会寻找合适的机会，同时也拜托皇太极照顾好留在后金的子侄。皇太极的回应则充满了耐心与理解，承诺会善待祖大寿的家人，并鼓励他继续努力。
在接下来的几年中，祖大寿与皇太极之间似乎进入了某种微妙的平衡状态。崇祯六年（1633年），双方并无直接往来，后金也未对锦州发起攻势。然而，后金的高层依旧视祖大寿为潜在的内应，相信他将在未来的某个时刻发挥作用，尤其是在攻取山海关的战略中。有传言称，崇祯帝曾多次调祖大寿入京，但都被他以各种理由拒绝，直到家人被扣为人质，才被迫响应朝廷的召唤，这表明祖大寿对崇祯帝的不满情绪日益加深。
七、与清为敌
自大凌河逃归明朝后，祖大寿的忠诚与策略在与后金（后改为大清）的对抗中展现得淋漓尽致。他不仅坚守明朝阵地，还多次与清军发生冲突，尤其是在丙子之变中，祖大寿应召入关，参与了对清军的防御。然而，关于他是否真心与清为敌，历史记载中存在分歧，有说法指出祖大寿内心顾虑沈阳家人的安全，这使得他在对抗清军时显得有所保留。
崇祯十一年（1638年），清军第五次入塞，史称戊寅之变，再次考验了祖大寿的忠诚与勇气。面对清军的侵扰，崇祯帝再次征召祖大寿入援。起初，祖大寿以防备清军为由试图推辞，但在朝廷的连续催促下，最终率军应援。在行至中后所时，遭遇清郑亲王济尔哈朗和多罗贝勒多铎所率的清军。祖大寿果断采取行动，派兵袭击多铎部，造成了清军的伤亡，这一战果对清朝来说是一个不小的打击，也是祖大寿对清军的直接反抗。
皇太极得知这一消息后，亲自率大军抵达中后所，意图与祖大寿会面，以期挽回祖大寿的心。皇太极的信函中充满了诚意，表示对祖大寿的尊重与理解，强调自己不会勉强祖大寿的去留，同时释放了明军俘虏，希望以此展示自己的诚意。然而，祖大寿并未接受皇太极的邀请，始终保持距离，未与皇太极见面，这表明他已下定决心与清为敌，扞卫明朝。
崇祯十二年（1639年），祖大寿继续在山东、北直隶一带与清军周旋，尽管并未取得显着的战果，但他坚守岗位，持续对清军构成威胁。皇太极则在这一年对锦州发起了攻击，试图瓦解祖大寿的意志，通过致书祖大寿的妻子，试图从家庭层面施加压力，促使祖大寿投降。然而，祖大寿并未因此动摇，反而派兵试图突破清军封锁，支援锦州，但遭遇失败，多名将领被俘。尽管如此，祖大寿仍旧回到锦州，坚守岗位，展现了他不屈不挠的精神。
八、再次降清
崇祯十三年（1640年），皇太极对锦州的围困策略变得更加狡猾和持久，他命令郑亲王济尔哈朗修建义州城，意图以此为基地长期围困锦州，使祖大寿无法耕种，从而削弱锦州的防御能力。五月，皇太极亲临义州视察，期间，杏山的蒙古人苏班岱等人请求归顺，皇太极随即派遣济尔哈朗等人率军迎接。祖大寿得知清军人少，决定抓住机会，命令游击戴明与松山总兵吴三桂、杏山总兵刘肇基合兵出击，与清军在杏山城西交战。双方都声称取得了胜利，但实际情况如何，历史记载模糊。
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