吴三桂发现自己处于两难境地，一边是李自成的大顺政权，另一边是虎视眈眈的清军。在李自成的招降之下，吴三桂一度考虑投降，但据说当得知其宠妾陈圆圆被大顺军将领掳走，加之家人亦被挟持，吴三桂的态度发生了转变。他意识到，单凭自己的力量无法抵抗李自成，也无法抵御清军的压力。于是，吴三桂采取了一种复杂的策略，一方面与李自成进行表面上的议和，另一方面暗中向多尔衮的清军求援，提出以黄河南北分治为条件。
四月十三日，当李自成率领六万大军逼近山海关时，吴三桂派遣山海关的士绅和儒生作为代表，向李自成表达投降之意，以此拖延时间，等待清军的到来。然而，李自成对吴三桂的真实意图并不完全了解，直到接近山海关时才意识到吴三桂的欺骗，但此时已错失了快速夺取山海关的最佳时机。
与此同时，多尔衮收到了吴三桂的第二次求援信，迅速集结军队，经过一夜强行军，于四月二十一日抵达距离山海关仅十五里的位置。此时，多尔衮利用吴三桂的危急状况，逼迫他放弃与清军联合攻打李自成的想法，而是彻底投降清朝。在一片石战役中，吴三桂与清军联合，最终击溃了李自成的军队。清军随后入关，攻占北京，多尔衮将年幼的顺治帝及其朝廷从盛京（今沈阳）迁至北京，正式定都于此。作为对吴三桂协助清军入关的回报，清廷册封他为平西王，成为清朝初年的重要藩王之一。
四、率兵南下
清军入关后，吴三桂作为降清的汉族将领，其地位和作用经历了显着的变化。起初，清政府对吴三桂持有戒备态度，尽管表面上给予优待，但在实际权力分配上却有所保留。然而，随着吴三桂在平定李自成余部和镇压各地反抗势力中展现出的效忠与军事才能，清廷逐渐增加了对他的信任与依赖。
顺治元年（1644年），南明福王朱由崧在南京称帝，试图拉拢吴三桂加入抗清行列，不仅封其为蓟国公，还计划运送大批物资犒劳吴三桂的军队。然而，吴三桂并未接受南明的拉拢，他以“清朝法令甚严，恐致嫌疑”为由，婉拒了南明的提议，显示出他已倾向于清廷。
吴三桂在清廷的支持下，先是出师山东，平定了李自成的残余势力，随后跟随英王阿济格西征，继续清剿李自成的部众。这些军事行动不仅稳固了清朝在北方的统治，也确立了吴三桂在清军中的重要地位。
顺治二年（1645年），在李自成的主力基本被消灭后，吴三桂被调回镇守锦州，这一安排明显透露出清廷对吴三桂的戒心。不过，吴三桂迅速调整策略，彻底放弃了先前可能存在的复明想法，转而表示对清朝的忠诚，将崇祯帝称为“故主”，并积极为部属争取封赏，进一步融入清廷体系。
到了顺治四年（1647年），清政府再次调动吴三桂，这次与八旗将领李国翰共同镇守汉中，目标是剿灭西北地区的抗清义军余部。吴三桂在这一阶段采取了极为严厉的手段，不仅残酷镇压农民军残部，还对起兵抗清的朱明后裔毫不留情，这不仅显示了他对清朝的绝对忠诚，也使清廷对他的信任达到了顶峰。
顺治八年（1651年），吴三桂与李国翰一同率军入川，对抗张献忠义军的余部，经过数年奋战，成功平定了重庆、成都等重要城市。顺治十四年（1657年），吴三桂以平西大将军的身份，开始了对南明永历政权的最后攻势，这一次南征云贵，标志着吴三桂在清廷中的地位达到了巅峰，他不仅被赋予了极高的军政权力，还直接参与了终结南明残余势力的关键战役，为清朝统一全国立下了汗马功劳。
五、镇守云贵
吴三桂在顺治十六年（1659年）攻下云南后，不仅巩固了清朝对西南边陲的控制，还被委以重任，开藩设府，总管云南军民事务，成为一方诸侯。顺治十八年（1661年），他出师缅甸，成功俘虏了南明永历帝朱由榔，将其押解至昆明并处死，此举彻底终结了南明政权，为清朝统一全国奠定了基础。吴三桂的这一系列军事行动，使他成为了清朝在西南地区无可争议的统治者，同时也为他赢得了清廷的进一步信任和重用。
康熙元年（1662年），吴三桂因擒杀永历帝的功勋，被晋封为亲王，并被赋予兼辖贵州的权力，其子吴应熊也得以与皇室联姻，地位显赫。吴三桂在云贵地区开藩设府，权力达到了顶峰，但这也埋下了他与清廷矛盾的种子。
随着吴三桂权力的膨胀，他开始谋求在云贵地区类似明朝沐英“世镇云南”的地位，希望成为真正的土皇帝。然而，清朝中央政府对此警惕有加，深知放任吴三桂坐大将威胁到中央集权。因此，清廷开始了一系列限制吴三桂权力的措施。
康熙二年（1663年），清廷首先收回了吴三桂的平西大将军印信，这标志着吴三桂在军事上的自主权受到了削弱。随后，清廷进一步限制了吴三桂在人事任免方面的权力，规定所有官员的任命和调动必须由吏、兵二部掌控，而非由吴三桂个人决定。此外，清廷还控制了财政大权，户部不再允许吴三桂随意支配财政资源。
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