最终，朱由检以魏忠贤携带凶器，有叛乱嫌疑为由，将其逮捕并贬往凤阳祖陵。魏忠贤在途中得知自己的命运，选择自缢，结束了其权倾一时的生涯。朱由检随后对魏忠贤的党羽展开清算，不仅召回各地镇守太监，平反了天启末年的冤狱，还销毁了《三朝要典》，定“钦定逆案”，将魏忠贤等255人定为“逆党”，进行了严厉的惩罚，包括处死、削籍、充军等，彻底根除了阉党的残余势力。
四、初政受挫
朱由检继位后，雄心勃勃，致力于扫除阉党余孽，力图振兴明朝。他励精图治，勤于政务，不仅自身坚持学习，还严格要求朝臣尽忠职守，革除积弊，力求节财择吏。朱由检的勤勉程度在明朝历代皇帝中颇为罕见，他每天鸡鸣即起，深夜犹在批阅奏章，宫中无宴乐，朝堂上无懈怠，其治国决心可见一斑。
在朝堂之上，朱由检首先清除了魏忠贤的余党，采用“枚卜”的方式选拔新阁臣，这种看似随机的方法实际上是朱由检精心设计的，以平衡朝中各派势力。在内阁中，东林党派人物占据了主导地位，如韩爌、李标、钱龙锡等，他们协助朱由检定“钦定逆案”，恢复了东林党人的名誉，形成了所谓的“东林内阁”。然而，朱由检也留用了非东林党派的官员，如温体仁、周延儒等人，以制约东林党的影响力。
对外，朱由检面临的最大挑战是如何收复辽东失地。他将重任交给了袁崇焕，袁崇焕曾取得宁远大捷，是公认的抗金名将。朱由检对袁崇焕寄予厚望，授予他便宜行事之权，甚至赐予尚方宝剑，期望他能在五年内平定辽东。袁崇焕到任后，整顿军务，联络藩属，采取了一系列措施，包括斩杀不合作的东江总兵毛文龙，但这引发了朝中不满。
己巳之变的发生，使袁崇焕陷入困境。后金皇太极率军突破长城，直逼北京，袁崇焕率军回防，与后金军激战。然而，朱由检在温体仁的密奏和皇太极的反间计下，对袁崇焕的信任开始动摇。尤其是皇太极使用了精心设计的反间计，让被俘的明朝太监听到关于袁崇焕通敌的虚假谈话，随后释放他们返回北京传播谣言。
在皇太极兵临城下之时，朱由检对袁崇焕的态度急转直下。他不仅拒绝了袁崇焕入城避难的请求，还将其逮捕入狱，指责他擅杀大将、不能御侮。尽管袁崇焕在广渠门外击败了后金军，但这并未能挽回朱由检对他的信任。随着后金撤军，朱由检对袁崇焕的审判和处决迅速展开，袁崇焕最终被凌迟处死，成为明朝末期政治斗争的牺牲品。
五、内外交困
崇祯年间，明朝内外交困的局面日益恶化，自然灾害频发，特别是小冰河期带来的严重干旱，导致粮食歉收，加剧了社会的不稳定。陕西、中原等地灾情尤为严重，而朝廷的苛捐杂税却未见减轻，使得民众生活雪上加霜。崇祯元年（1628年），陕西澄城的王二起义拉开了明末农民战争的序幕，各地农民、边镇逃兵、被裁撤的驿卒纷纷加入，形成所谓的“流寇”。
朱由检任命杨鹤为陕西三边总督，采取以抚为主的政策，试图平息民变。杨鹤通过招安政策暂时安抚了一些起义者，但根本的社会矛盾并未解决，许多起义者因安置不当而再度起义。崇祯四年（1631年），神一魁在被招安后不久即叛，朱由检因此罢免杨鹤，改任洪承畴为主剿的陕西三边总督。起义军在洪承畴的镇压下，于崇祯五年（1632年）转战山西，而后在卢象升等人的镇压下，又转进河南，攻城掠地。崇祯七年（1634年），起义军在陈奇瑜的招安下短暂停歇，但不久后又逃脱围困，形势愈发严峻。
同时，明朝与后金的战事持续升级。己巳之变后，皇太极调整战略，一方面削弱辽西明军据点，一方面频繁入塞掠夺。崇祯四年（1631年），大凌河城陷落，孙承宗引咎辞职。更严重的是吴桥兵变，孔有德、耿仲明等叛乱，不仅削弱了明军实力，还将红夷大炮技术带给了后金，加强了其战斗力。崇祯九年（1636年），皇太极称帝，国号大清，年号崇德，正式与明朝抗衡。同年，清军入塞，掠夺京畿，留下“各官免送”的侮辱性木牌，极大地打击了明朝的士气。
为应对内外危机，朱由检起用杨嗣昌，后者提出“四正六隅十面网”战略，试图围剿起义军，同时主张与清议和，以集中力量对付农民起义。然而，议和之事因群臣反对而拖延，皇太极趁机再次发兵入塞，导致卢象升战死，孙传庭下狱，洪承畴调任蓟辽总督，这给了李自成、张献忠喘息之机。李自成攻陷洛阳，张献忠破襄阳，局势进一步恶化。杨嗣昌因战事不利而忧惧而死，朱由检虽感惋惜，但并未追究其责任，转而以丁启睿为督师，继续围剿起义军，但局势已难以挽回。
六、局势恶化
崇祯十四年（1641年）之后，明朝的内外局势急转直下，进入了全面崩溃的边缘。自然灾害的频发，特别是河南地区的饥荒和疫情，导致大量饥民加入李自成的队伍，使李自成的势力迅速壮大，开始被称为“闯王”。知识分子如牛金星、宋献策等的加入，进一步增强了李自成的军事和政治实力。李自成的军队连续攻城掠地，多次围攻开封，尽管明军有傅宗龙、孙传庭等将领的抵抗，但最终还是难以抵挡李自成的攻势。李自成的胜利，不仅在于军事上的优势，更在于其提出的“三年免征、一人不杀”的口号，赢得了民心，使得“闯王来时不纳粮”的民谣广为流传。
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