然而，胜利的喜悦并未持续太久，倭寇卷土重来，于1572年二月再次发起攻势，广东多地遭受重创。殷正茂深知自己作为军事主官的责任重大，一面积极上报敌情，一面主动承担失职之责。幸运的是，兵部体谅其新任不久，未予深究，而皇帝更是给予了宽慰与勉励，赋予他更大的自主权，要求他对地方事务采取非常规措施，以尽快平定叛乱。
皇帝的信任与支持，成为殷正茂振作士气的重要动力。他迅速调整战略，整顿军纪，四处追剿倭寇。在接下来的几个月里，官军在新宁、高州、雷州等地接连取得胜利，共击溃倭寇数百人。然而，倭寇的攻势并未停止，他们再度侵扰广海、新宁、惠来等地，造成巨大破坏。面对这一严峻形势，殷正茂果断采取行动，不仅调兵遣将，还上奏朝廷，请求严惩失职官员，以此凝聚军心民心。最终，电白知县蒋晓与锦囊所千户侯安邦因弃城逃逸而被逮捕审讯，这一举措有效震慑了军中怠慢之人，稳定了广东沿海的局势。
四、功勋再立
在广东抗倭的同时，殷正茂也面临着地方民众起义的严峻挑战。1572年，肇庆恩平等多地爆发了由陈金莺、罗织清、黄飞莺等领导的反抗活动，加之蓝一清、赖元爵率领的畲人在惠州、潮州山区的起义，局势一度紧张。面对这一系列威胁，殷正茂坚定执行张居正的指令，采取强硬措施，先是对三巢、十寨、十三村的起义进行了有力镇压，随后集结四万大军，对蓝一清等起义军展开大规模清剿。经过三个月的艰苦战斗，消耗军饷5.6万余两，破寨700余所，俘虏和斩杀起义军人，主要头目蓝一清等十余人被公开处决，有效维护了明王朝在岭南的统治秩序。
这一系列战果，不仅稳固了广东的治安，也为官军抵御倭寇提供了更为有利的战略环境。张居正得知殷正茂的战绩后，特地致信褒奖，盛赞其雄才大略，并确认了自己识人的慧眼。基于这些显着功绩，殷正茂累加官至兵部尚书兼右副都御史，成为了明代边疆防御体系中的关键人物。
1574年冬，倭寇再次侵犯双鱼所，面对孤立无援的困境，殷正茂果断应对，一面严惩失职将领，一面紧急调兵增援。他精准预判倭寇动向，布下天罗地网，最终在儒峒一役中大获全胜，歼灭倭寇812人，解救民众61人，缴获大量战利品。紧接着，他又亲自率军在电白重创倭寇，进一步巩固了两广的安全。
1575年，殷正茂调任南京户部尚书，由凌云翼接替其原职。次年，他转任北京户部尚书，结束了长达数年的抗倭生涯。在户部尚书任上，殷正茂继续发挥其理财才能，力劝皇帝节俭，节省资金用于赈灾，展现了其不仅在军事上，也在经济管理方面的卓越能力。
五、被劾去官
殷正茂的晚年并非一帆风顺，而是笼罩在一系列政治风波之中。张居正去世后，朝中权力格局发生剧变，昔日的盟友与政敌纷纷登场，清算张居正的影响力。1583年，即张居正逝世的第二年，一场针对殷正茂的弹劾风暴悄然降临。
御史张应诏率先发难，他指控时任刑部尚书的殷正茂曾以两座金盘种植珊瑚，以及金珠、翡翠、象牙等贵重物品，作为礼物送给张居正和内监冯保，以及张居正的家人游七。这些指控严重损害了殷正茂的名誉，将他推入了舆论的风口浪尖。在明代，贿赂行为被视为严重的不法，尤其是在张居正死后，朝中对他的追随者展开了全面的审查，任何与张居正有关联的官员都难以幸免。
面对突如其来的指控，殷正茂并未坐以待毙。他 上 疏 为自己辩护，试图澄清事实，恢复自己的清誉。然而，政治环境的恶劣与朝野之间的复杂关系，使得他的辩护显得苍白无力。最终，朝廷接受了殷正茂的请求，准许他辞官归乡，结束了他在朝堂上的官宦生涯。
万历二十年十二月十五日，即1593年1月17日，殷正茂在家中安然离世，享年八十岁。在他生命的最后几天，据《麒麟殷氏家乘·石汀公行略》记载，殷正茂坐在书房门前，目睹一颗大星从东南方坠落，伴随着强烈的光芒与轰鸣声。这一奇异的天文现象，似乎预示着他的生命即将走向终点。七日后，殷正茂平静地离开了人世，留给后世的是一个饱经沧桑、功过参半的历史人物形象。
六、结语
殷正茂的一生，是明朝官僚体系复杂性的缩影。他的军事才华与对国家的贡献不容忽视，但同时，其个人行为中的瑕疵也提醒我们，历史人物往往兼具光明与阴暗的两面。殷正茂的故事，不仅是对一个时代英雄的颂歌，也是对人性复杂性的深刻反思。
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