随着倭患的平定，谭纶终于得以向朝廷申请归家完成丧期，朝廷感念其功勋，批准了他的请求。谭纶的二次出山，不仅成功扭转了福建的抗倭局势，更以其卓越的军事领导力和深邃的治理智慧，为后世留下了宝贵的历史遗产。
四、历抚三地
谭纶的军事与政治才能不仅仅局限于东南沿海的抗倭斗争，他的足迹与功绩遍布了大明帝国的多个角落。嘉靖四十四年（1565年），在成功平息福建倭患之后，谭纶被任命为陕西巡抚，准备前往西北边陲，继续施展其治国理政的才能。然而，命运似乎有意考验这位久经沙场的将领，四川大足县突发民变，起义军攻占了七座城镇，局势危急。为此，朝廷临时调整，改授谭纶为四川巡抚，意在凭借其丰富的平乱经验迅速稳定四川局势。幸运的是，起义在谭纶尚未赴任前就被地方力量扑灭，但他并未因此闲下来，而是立即投入到解决云南边境问题中，成功平定了叛乱首领凤继祖，显示了其在处理边疆事务上的高效与果断。
次年，即嘉靖四十五年（1566年），谭纶的才能再次受到朝廷的重视，被晋升为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，同时被赋予总督两广军务的重任，并兼任广西巡抚。在两广地区，谭纶面对的是更为复杂的政治与军事环境，既有土司势力的割据，又有频繁的民族冲突和海盗侵扰。谭纶一到任，便迅速展开行动，采取恩威并施的策略，成功招抚了岑岗“贼”江月照等势力，有力地维护了两广地区的社会稳定和边疆安全，进一步彰显了其作为军事将领和政治家的高超手腕。
谭纶的仕途经历，是一段跨越地域、不断应对新挑战的历程。从东南沿海到西北边疆，再到西南边陲，他始终是朝廷倚重的栋梁之才。尽管谭纶任职时间往往不满一年便因国家需要而频繁调动，但无论是在平定倭寇，还是在镇压叛乱，乃至处理边疆事务上，他都能迅速适应，有效解决问题，展现了极高的适应性和执行力。尤其是在东南沿海抗倭告一段落后，北方边关的防御问题又日益凸显，谭纶的军事才能和丰富经验，无疑成为了国家最宝贵的财富，预示着他将在接下来的岁月中，继续为国家的安全与稳定贡献自己的力量。
五、总督蓟辽
隆庆元年（1567年），谭纶面对国家北部边疆的安全挑战，再次被委以重任。尽管他曾上疏请求辞职，但明穆宗深知其才，不予批准。同年八月，朝廷内部鉴于谭纶、俞大猷与戚继光在平倭中的卓越表现，提议召回他们训练京师兵马，最终穆宗决定调谭纶回兵部，负责军事要务。
次年三月，谭纶被晋升为兵部左侍郎，兼任右佥都御史，总督蓟、辽、保定军务，并管理粮饷。面对边防兵力不足、装备老化、士气低落等问题，谭纶提出了四大难题：一是缺乏足够且持续训练的车战部队；二是燕、赵士兵战斗力下滑，需引入吴、越士兵混合训练；三是军纪松弛，且地处京城附近，改革易遭非议；四是缺乏实战锻炼，难以彻底震慑敌人。针对这些问题，他提出了一套详尽的改革方案，包括建立三营制，分别由总兵、参将、游击统帅，并由戚继光总领练兵；春季与秋季，三营兵马轮换至边关，既可御敌于关外，又能确保一旦敌人入侵，能迅速组织有效抵抗。
谭纶的方案获得了穆宗的支持，同时也授权他与戚继光具体实施。谭纶借机强调了练兵必须专一，避免过多干预，以保证训练效果。尽管遭到了一些官员的反对和弹劾，但在张居正的支持下，穆宗坚定地将练兵权交给了谭纶，并警告其他官员不得干扰。
谭纶根据边关地理特点，将蓟镇分为十二防区，每区设小将管理，全军分为三营，分别驻守关键地带。他与戚继光密切合作，不仅强化了日常训练，还构建了屯兵御敌台体系，共计三千余座，从居庸关延伸至山海关，形成了坚不可摧的防线。同时，谭纶还招募了大量浙江兵驻守，使得边防力量大大增强。
谭纶的这些措施迅速见效，当年秋季，蓟镇、昌平地区未出现任何警讯，过往需从外地调兵防卫的做法也被取消。他在巡视边塞时，深刻总结了南北作战的不同策略，明确了北方边防的“坚壁清野，钳制侵略”的战略方针。经过这一系列的大刀阔斧的改革与建设，不仅边防力量得到根本性提升，也有效震慑了蒙古势力，使之不敢轻易进犯
六、主掌兵部
隆庆四年（1570年）是谭纶军事与政治生涯中的又一重要转折点。在成功整顿蓟辽边防后，他的才能与功绩得到了朝廷的进一步认可，被提拔为都察院右都御史兼兵部左侍郎，同时还肩负起了协理京营戎政的重任。这意味着谭纶不仅要在边疆防御上发挥关键作用，还要参与首都及其周边军事防御的决策与管理，责任之重大可见一斑。
次年，即隆庆五年（1571年），谭纶因在边境修建敌台的显着成效，再次获得晋升，被任命为兵部尚书兼都察院右副都御史，继续协理戎政。敌台的修建，不仅加强了边防的稳固，更显示了谭纶在军事工程和防御策略上的远见卓识。然而，长期的军务劳累使谭纶身体状况欠佳，同年十月，穆宗皇帝特许他告假回乡 修 养 ，体现了朝廷对这位功臣的关怀与体恤。
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