浙江巡抚佟国器八百里加急奏报郑军有可能兵犯长江后，顺治和内大臣们吓得不轻，立即下令浙江和江苏清军集中驻守，加强沿海府州防御，另传旨于河南、江西、山西、山东各省抽调兵马，由安亲王岳乐统一指挥，分批向江宁增援，同时催促各部办备亲征事从快，定于7月15御驾南征。因郑军有可能内犯长江，顺治对于亲征也是一刻也不敢耽搁了，不然要是南京丢了，这局面可真是一发不可收拾了，到时就算他亲征，也未必能夺回南京。
清廷大举调兵遣将时，郑军在温州地区征集粮饷后，即移舟北上，准备入长江，攻取南京。于温州北上舟山之际，延平郡王颁谕令：“官兵远征，不无内顾；携眷偕行，自然乐从。本藩统领大师，北伐丑虏，肃靖中原，以建大业。虑各勋镇将领官兵，永镇之时有为家之念，已经着兵、户官拨赶缯船配载各眷；各令有眷官兵照依派船载来，暂住林门，候令随行。”
谕令颁布后，延平特地指派忠靖伯陈辉、宣毅前镇陈泽领水师一镇保护女眷船只，随军行动。此令一下，郑军上下官兵无不欣悦鼓舞，只是苦了晕船的太太小姐们。
部下有曾劝阻延平不当使妇人从军，延平却道此番北进长江，夺取南京有万分把握，一来清军由多尼统带的主力已被太平军封堵在云贵，短时间内根本出不来。而驻防南京一带的清军兵力十分的薄弱，据江南复明人士提供的消息，南京一带驻防的满州八旗只由昂邦章京喀喀木所带领的一支小队伍，人数不足千人，其余兵多是绿营，人数虽多，但根本抵挡不住郑军。我强敌弱，南京一下，郑军便将永镇江南，何防妇人随军有损士气一说。
命携家眷行军，一来是延平对于夺取南京信心十足，根本不曾考虑会有失败危险；二来却是吸取从前教训。当年延平率军在外时，福建清军便屡次趁虚而入，致使留在金厦的家眷死伤怠尽，严重影响军心，使得日后郑军在外作战时，上下将士都担心金厦会被清军再次偷袭。去年郑军大举北上时，军中便多有此担心。经一年休整准备，再有广东拥立唐王监国一事，延平对于夺取南京祭拜孝陵，占住大义之事已经刻不容缓，因此不容军中有任何后顾之忧，这才命家眷一体随军。这样夺取南京以后，也免得还要再派人回去接家眷。
郑成功和张煌言联军北上后，先是五月抵达浙江定海一带，经过两天激战，全歼镇守该地清军，夺取了定海炮城，焚毁清水师船只一百余艘。夺取定海之后，郑军一方面制造进攻浙江宁波府的假象，吸引江苏、浙江清军来援，另一方面则分兵攻打福建沿海，以迷惑福建清军。
清廷坐镇福建的内大臣达素被郑军行动迷惑，下令沿海收缩。南边的广东太平军也再次向福建发起进攻，虽攻势规模不大，但却牵制了闽南清军，使得达素更加惶恐不安，以为郑军和太平军合兵要谋福建，只得不断向江宁和浙江请援，同时往北京发去急报。
清浙江巡抚佟国器却判断郑军大举北上绝不单单是为了袭拢浙江沿海征粮这么简单，而是有可能入长江侵犯江宁城，故而向北京发去八百里加急，同时派人往江宁通报，请两江总督朗廷佐赶紧部署长江防线，以免被郑军轻易入江。
6月19日，在经过长达一个多月的战术迷惑后，郑成功终于率领兵马16万，分乘大小船舰3000余只，从定海北上，分三路进发，由中提督甘辉统前军，郑成功亲率兵将居中，总兵陈文达殿后，浩浩荡荡起航向长江口进发。
郑军此番进长江，船只兵力规模皆是庞大，其水师比之两广明军战船多出数十倍，清军水师更是远远不如，以致沿海清水师远远见郑军战船便望风而逃，不敢上前一战。清吴淞提督马逢知更是拥兵观望，不战不降。
然郑军如此声势北上，军中却出了一败类。进入长江之前，郑军前军前镇马龙在浙江乍浦降清，随马龙降清的有五艘船，其中水艍船二只，双篷船二只，水底船一只，兵丁及家属男妇共一百四十余名口，可是携带的装备竟有红衣炮十三位，铜百子炮四十五位，三眼枪、鸟枪十杆，火药四十二桶，连桶共重一千八百八十九斤，红衣铁弹一千六百六十三出，百子铁弹一百八十二桶，连桶共重八千八百九十九斤，铁碎子一百零五桶，连桶共重五千一百九十斤，铁盔甲四十二顶，铁甲二十六身，铁蔽手九副，铁裙九条，铁遮窝十四副，还有棉盔、甲、刀、箭、长枪、藤牌之类。
这五条船虽仅一百多人，拥有的进攻性火炮和防身的铁盔甲之类数量却相当惊人，由此也可窥出郑军之强大实力。马龙降清后，迅速向清军通报了郑军大举入长江要夺取南京的计划，浙江巡抚佟国器闻知之后更是心惊，但从时间上推算，郑军已入长江口，能不能保住江宁城就要看两江总督郎廷佐有没有重视他的告警了。
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